运输烟苗是否违法，需根据具体情况判断，主要涉及烟草专卖相关法律法规的适用。以下从不同角度进行分析：

1. 烟草专卖制度背景
   根据《中华人民共和国烟草专卖法》及其实施条例，烟草专卖品（包括烟叶、卷烟、烟丝等）的生产、销售、运输均受国家严格管控。烟苗作为烟草种植的原始材料，虽未直接列入专卖品目录，但其运输可能涉及烟草种植许可制度。若运输的烟苗用于非法种植或未经许可的种植活动，则可能构成违法。

2. 合法运输的情形

   • 持有合法手续：若运输方能提供烟草种植许可证、运输合同等证明文件，且烟苗来源合法（如从正规育苗基地采购），运输行为通常合法。
     
   • 符合种植规划：根据《烟草专卖法》第七条，烟草种植需按国家计划执行。若运输的烟苗用于符合当地烟草种植规划的合法种植，则不违法。

3. 违法运输的情形

   • 无证运输：未取得烟草专卖行政主管部门许可，擅自运输烟苗的，可能违反《烟草专卖法》第二十二条，面临没收违法所得、罚款等处罚。
     
   • 跨区域运输限制：部分地区对烟苗跨区域运输有严格限制（如防止病虫害传播或保护本地烟草产业）。若违反相关规定，可能被认定为违法。
     
   • 用于非法种植：若运输的烟苗最终用于未经许可的种植活动（如私自扩大种植面积或种植非指定品种），可能构成“非法经营罪”或“破坏生产经营罪”（视情节严重程度）。

4. 法律后果与建议

   • 行政处罚：违法运输烟苗可能面临罚款、没收违法所得、责令停止违法行为等行政处罚。
     
   • 刑事责任：若运输行为与非法种植、销售等犯罪活动关联，可能触犯《刑法》第二百二十五条（非法经营罪）或第二百七十六条（破坏生产经营罪），需承担刑事责任。
     
   • 合规建议：运输前应确认烟苗来源合法性，核实运输是否符合当地烟草种植规划及运输管理规定；必要时向烟草专卖行政主管部门申请许可或备案。

总结：运输烟苗的合法性取决于是否取得合法手续、是否符合种植规划及运输管理规定。建议运输前充分了解相关法律法规，避免因程序瑕疵或实体违法承担法律责任。如有具体案件或疑问，可直接向我咨询。