村委会盖章且村书记签字的协议，在符合法定条件的情况下是有效的。不过，协议的有效性并非仅由盖章和签字决定，还需考虑多个因素，以下从不同角度进行分析：

一、协议主体资格

1. 村委会的资格：村委会作为基层群众性自治组织，在符合法律、法规及村民自治章程规定的范围内，有权代表村民集体签订协议。若协议内容涉及村民集体利益，且村委会已按照法定程序（如召开村民会议或村民代表会议）获得授权，则其签订的协议具有法律效力。
2. 村书记的资格：村书记作为村委会的负责人，其签字通常代表村委会的意志。但需注意，村书记个人并不具备独立签订涉及村民集体利益协议的资格，除非得到村委会的明确授权或协议内容仅涉及村书记个人事务。

二、协议内容合法性

1. 不违反法律、行政法规：协议内容必须合法，不得违反国家法律、行政法规的强制性规定。例如，协议不得涉及非法转让土地使用权、非法集资等违法行为。
2. 不违背公序良俗：协议内容还应符合社会公德和公共利益，不得违背公序良俗。如协议内容涉及欺诈、胁迫等不正当手段，则可能被认定为无效。

三、协议形式要件

1. 盖章与签字：村委会盖章和村书记签字是协议形式要件的重要组成部分。盖章和签字应真实、有效，且能够代表村委会和村书记的意志。若盖章或签字存在瑕疵（如伪造、冒用等），则可能影响协议的有效性。
2. 其他形式要件：根据协议类型和法律规定，可能还需满足其他形式要件，如书面形式、公证等。若法律对协议形式有特别规定，则应遵循相关规定。

四、特殊情况下的协议效力

1. 超越权限签订的协议：若村书记或村委会成员超越权限签订协议，且相对人知道或应当知道其超越权限的，该协议对村民集体不发生效力。但若相对人善意且无过失地相信村书记或村委会成员有代理权，则可能构成表见代理，协议仍对村民集体发生效力。
2. 无权代理签订的协议：若村书记或村委会成员以村民集体名义签订协议，但未经授权或超越授权范围，且相对人知道或应当知道其无权代理的，该协议对村民集体不发生效力。此时，村书记或村委会成员可能需承担个人责任。

五、建议与风险提示

1. 审查协议内容：在签订协议前，应仔细审查协议内容，确保其合法、合规且符合村民集体利益。
2. 确认授权情况：若协议涉及村民集体利益，应确认村委会或村书记是否已获得合法授权。
3. 保留证据：在签订协议过程中，应保留好相关证据（如会议记录、授权委托书等），以备不时之需。
4. 及时咨询专业律师：若对协议效力存在疑问或遇到复杂情况，建议及时咨询专业律师，以维护自身合法权益。

总结来说，村委会盖章且村书记签字的协议在符合法定条件的情况下是有效的。但协议的有效性受多种因素影响，包括协议主体资格、协议内容合法性、协议形式要件以及特殊情况下的协议效力等。因此，在签订协议前，应仔细审查并确认相关事项，以确保协议的有效性和自身权益的保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。