股权冻结三年后的处理方式需根据冻结原因及案件进展分情况讨论，具体如下：

1. 若冻结期限届满且未续冻
   根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十八条，冻结期限届满后，人民法院未办理续行冻结手续的，冻结效力自动消灭。此时股权恢复自由流通状态，股东可依法行使处分权（如转让、质押等），但需注意：

   • 若原冻结涉及未了结的诉讼或执行案件，建议先与办案法院确认案件状态，避免因信息滞后导致新的法律风险；
     
   • 若股权曾被多次冻结，需核实所有冻结措施是否均已解除，部分解除不影响其他冻结的效力。

2. 若冻结因案件终结而解除
   若冻结所涉案件已通过判决履行、和解、撤诉等方式终结，法院应主动解除冻结措施。股东可要求法院出具《解除冻结通知书》，并凭该文书至市场监管部门办理股权变更登记。实务中需注意：

   • 执行案件以“执行完毕”或“终结本次执行程序”为解除冻结的前提，仅达成执行和解未实际履行的，冻结可能不会立即解除；
     
   • 若冻结系因保全错误导致，股东可依据《民法典》第一千一百六十五条主张侵权赔偿，但需证明保全行为与损害结果间的因果关系。

3. 若冻结因期限届满前续冻而延续
   根据《最高人民法院关于适用〈民事诉讼法〉的解释》第四百八十五条，冻结银行存款的期限不得超过一年，查封、扣押动产的期限不得超过两年，查封不动产、冻结其他财产权的期限不得超过三年，但续冻期限同样不得超过前述规定。因此：

   • 若法院在冻结期限届满前办理了续冻手续，股权将继续处于冻结状态，股东需等待续冻期限届满或案件终结；
     
   • 续冻次数法律未作限制，但实务中法院会结合案件进展决定是否续冻，股东可向法院申请听证，主张冻结措施的必要性。

4. 特殊情形：轮候冻结的效力
   若股权存在轮候冻结，首封解除后轮候冻结自动生效。此时需注意：

   • 轮候冻结的期限从正式生效之日起计算，此前等待期间不计入冻结期限；
     
   • 股东可要求法院明确轮候冻结的顺位及剩余期限，以便评估股权处分可能性。

实务建议：

• 发现股权被冻结后，股东应第一时间通过“中国执行信息公开网”或向登记机关查询冻结信息，明确冻结法院、案号、期限及原因；
  
• 若认为冻结错误或超期，可向执行法院提出书面异议（《民事诉讼法》第二百三十二条），法院应在15日内审查并作出裁定；
  
• 涉及企业重组、股权融资等重大事项时，建议提前与冻结法院沟通，争取通过提供担保等方式部分解除冻结。
  

如有具体案件细节需要进一步分析，可直接向我说明情况。