对于已按违法用地查处结案但存在破坏林地行为的，处罚方式需结合具体违法情形，依据《森林法》《土地管理法》及相关法规综合判定，可能涉及行政处罚、刑事责任及生态修复责任。以下从不同角度展开分析：

一、行政处罚层面

1. 林业主管部门处罚
   若破坏林地行为未达到刑事立案标准，林业主管部门可依据《森林法》第七十四条、第七十五条进行处罚：

   • 罚款：对擅自改变林地用途的，按恢复植被和林业生产条件所需费用3倍以下罚款；对毁坏林木的，按林木价值3-5倍罚款。
     
   • 限期恢复：责令限期恢复植被和林业生产条件，逾期未恢复的，由林业主管部门代为履行，费用由违法者承担。
     
   • 没收违法所得：若存在非法采伐、销售林木等行为，可没收违法所得。

2. 自然资源部门处罚
   若破坏林地行为同时涉及违法用地（如非法占用林地建房、采矿等），自然资源部门可依据《土地管理法》第七十七条、第七十八条进行处罚：

   • 责令退还土地：限期拆除在非法占用土地上的新建建筑物，恢复土地原状。
     
   • 罚款：对非法占用土地的，按每平方米100-1000元标准罚款（具体标准根据土地类型和情节确定）。

二、刑事责任层面

若破坏林地行为达到刑事立案标准，可能构成以下犯罪：

1. 非法占用农用地罪（《刑法》第三百四十二条）

   • 立案标准：非法占用基本农田5亩以上，或基本农田以外的耕地10亩以上，或其他林地20亩以上，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的。
     
   • 处罚：处5年以下有期徒刑或拘役，并处或单处罚金。
     

2. 故意毁坏财物罪（《刑法》第二百七十五条）

   • 若毁坏林木价值达到5000元以上，或毁坏林木数量较大（如幼树200株以上），可能构成此罪，处3年以下有期徒刑、拘役或罚金。

三、生态修复责任

无论是否受到行政处罚或刑事处罚，违法者均需承担生态修复责任，包括：

• 恢复植被：按林业主管部门要求补种树木，恢复林地功能。
  
• 赔偿损失：对因破坏林地导致的生态服务功能损失（如水土保持、碳汇减少等）进行赔偿。
  
• 第三方修复：若违法者无力修复，可委托第三方机构代为修复，费用由违法者承担。

四、特殊情形处理

1. “已查处结案”的效力
   若此前仅按违法用地查处，未对破坏林地行为进行全面调查，林业主管部门仍可单独就破坏林地行为启动处罚程序，不因“结案”而免除责任。

2. “数罪并罚”
   若同一行为同时触犯行政法规和刑法（如非法占用林地且毁坏林木价值巨大），需同时承担行政责任和刑事责任，行政处罚与刑事处罚不冲突，但罚款与罚金不重复执行。

建议：若涉及具体案件，需结合林地类型（如公益林、商品林）、破坏程度、违法者主观故意等因素综合判断。如有进一步疑问，可直接向我咨询，我会结合具体案情提供详细分析。