在非法经营案件中，公安机关扣押信用卡后，因信用卡逾期产生的损失计算需分情况讨论，核心结论如下：

1. 若信用卡逾期损失与非法经营行为无直接关联
   公安机关扣押信用卡的行为本身不会直接导致逾期损失，逾期损失通常由持卡人自身资金周转、还款能力等因素引发。此时损失计算需依据《民法典》中关于借款合同的规定：

   • 利息与违约金：按信用卡领用合约约定的标准计算（通常为日利率万分之五，违约金为最低还款额未还部分的5%），但总利率不得超过合同成立时一年期贷款市场报价利率（LPR）的4倍；
     
   • 实际损失范围：仅包括逾期本金、合法利息及银行已实际支出的催收费用（如律师费、诉讼费等），持卡人主张的“精神损失”“经营机会损失”等间接损失一般不予支持。

2. 若信用卡逾期损失因公安机关扣押行为直接导致
   需满足两个条件：

   • 扣押行为违法：如公安机关未依法出具扣押决定书、未在法定期限内返还信用卡，或扣押与案件无关的信用卡；
     
   • 存在因果关系：即扣押行为直接导致持卡人无法正常使用信用卡还款（如信用卡被扣押期间恰好为还款日，且持卡人无其他还款方式）。
     此时损失计算依据《国家赔偿法》第三十六条：
     
   • 直接损失赔偿：仅赔偿逾期本金及合法利息（按LPR计算，自扣押之日起至返还之日止）；
     
   • 免责情形：若持卡人可通过其他方式还款（如绑定储蓄卡自动扣款、网银转账等），或逾期损失因持卡人自身过错（如未及时联系银行说明情况）扩大，则公安机关不承担赔偿责任。

实务建议：

• 持卡人应第一时间联系银行说明扣押情况，保留通话记录、短信通知等证据，证明已积极履行还款义务；
  
• 若认为公安机关扣押行为违法，可向其上级机关申请行政复议，或直接向法院提起行政诉讼，同时主张国家赔偿；
  
• 非法经营案件的被告人若需用信用卡资金周转，可在诉讼中申请解除扣押措施（需提供等值财产担保），避免损失扩大。
  

如有具体案件细节（如扣押程序、逾期时间、损失金额等），可进一步向我说明，我会结合证据材料分析责任比例及赔偿方案。