法人两家公司有往来款，在符合相关法律法规、公司章程及税务规定，且基于真实交易和合理目的的情况下是合法的。然而，若存在操纵财务报表、非法转移资产、逃避税收或违反上市规则等情形，则可能构成违法。以下从合法与违法两种情况，为您详细分析：

一、合法情况

1. 正常经营业务往来

   • 如果两家公司之间因真实的交易活动（如提供原材料、产品或服务）产生资金往来，并基于合同约定进行货款支付、服务费用结算等，这属于正常的商业交易行为，是合法合规的。例如，A公司向B公司销售产品，B公司按照合同约定支付货款，这种资金往来就是合法的。

2. 合理的资金支持

   • 关联公司之间出于企业整体运营和发展需要，进行资金拆借、借款等活动，只要符合相关法律法规和公司章程的规定，并签订规范的借款合同，明确借款金额、用途、期限、利率等条款，也是合法的。比如，A公司因临时资金周转需要，向B公司借款，并签订了详细的借款合同，这种资金往来就是合法的。

3. 符合财务和税务规定

   • 资金往来需遵循会计准则，准确记录和披露，并按照税法规定进行税务处理，缴纳相关税费。例如，根据财税政策，企业集团内单位之间的资金无偿借贷行为在一定期限内免征增值税，但需确保企业所得税等税费的合规缴纳。如果两家公司之间的资金往来符合这些规定，就是合法的。

4. 目的正当

   • 资金往来必须是为生产、经营需要而进行的，不能存在违法行为，如套取金融机构信贷资金高利转贷、出借给用于违法犯罪活动的借款人等。如果两家公司之间的资金往来是基于正当的生产、经营需要，就是合法的。

5. 内部审批与公告程序

   • 关联交易应经过公司内部必要的审批程序，并确保符合公司章程规定。同时，对于重大关联交易，需按照法律法规要求进行公告或披露。如果两家公司之间的资金往来经过了这些程序，就是合法的。

二、违法情况

1. 操纵财务报表

   • 如果通过虚构资金往来、不合理的交易安排等手段调整利润、粉饰财务报表，以误导投资者、债权人等利益相关者，这就违反了《中华人民共和国会计法》《中华人民共和国证券法》等相关法律法规对财务信息真实性的要求，是违法的。

2. 非法转移资产

   • 关联公司之间恶意串通，利用资金往来的形式将公司资产非法转移，损害公司、股东或债权人的利益，这种行为可能构成侵权或犯罪，是违法的。

3. 逃避税收

   • 通过不合理的定价、虚假交易等资金往来方式人为调节利润，以达到逃避纳税义务的目的，这就违反了税收法律法规，将受到税务机关的查处，是违法的。

4. 违反上市规则或监管要求

   • 上市公司及其关联公司的资金往来需严格遵守证券监管机构的监管规定和披露要求。未按规定进行审批、披露或存在其他违反上市规则的情形，将面临监管处罚，是违法的。

三、建议与注意事项

1. 完善内部管理制度

   • 公司应建立健全内部管理制度，明确关联交易的审批流程、信息披露要求及违规责任等，确保资金往来的合法性和合规性。

2. 保留相关证据

   • 在进行资金往来时，应妥善保留借款合同、转账记录等相关证据，以备不时之需。这些证据在发生纠纷时将起到关键作用。

3. 加强法律与税务培训

   • 公司应定期对相关人员进行法律和税务培训，提高其对关联交易合法性及税务合规性的认识和操作能力。这有助于降低违法风险，保障公司的合法权益。

如果您在两家公司资金往来方面遇到任何法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。我将根据您的具体情况，为您提供专业、全面的法律服务。