如果孩子不是父亲亲生的，法院在判决时会综合考虑多种因素，但核心原则是保护未成年子女的利益，并结合具体案情来判定抚养权、抚养费等相关问题。以下是从不同角度的详细分析：

1. 抚养权判定：

   • 非亲生父亲无直接抚养义务：从生物学和法律义务的角度来看，如果孩子并非父亲的亲生子女，父亲在法律上并无直接抚养该子女的义务。然而，这并不意味着父亲不能自愿承担抚养责任，或者法院不会考虑父亲与孩子之间已形成的抚养关系。
   • 考虑实际抚养情况：如果父亲与孩子之间已经形成了深厚的抚养关系，且父亲愿意继续抚养孩子，法院在判决时会考虑这一实际情况，并可能倾向于维持现有的抚养关系，以保护孩子的稳定生活环境。
   • 母亲抚养优先：在大多数情况下，如果父亲不是孩子的亲生父亲，且双方无法就抚养权达成一致，法院可能会倾向于将抚养权判给母亲，尤其是当母亲具备抚养能力和条件时。

2. 抚养费问题：

   • 非亲生父亲无支付义务：同样地，从法律义务的角度来看，非亲生父亲没有义务支付孩子的抚养费。但是，如果父亲自愿支付，或者双方有协议约定，那么父亲可能需要按照约定支付抚养费。
   • 实际抚养人的权益：如果父亲实际抚养了非亲生子女，并因此产生了抚养费用，法院在判决时可能会考虑这些实际支出，并可能要求孩子的亲生父母或其他法定监护人承担相应的费用。

3. 其他相关因素：

   • 孩子的意愿：如果孩子已经达到一定的年龄和认知能力，法院在判决时会考虑孩子的意愿，尤其是当孩子明确表示愿意与某一方生活时。
   • 双方的经济状况：法院在判决时也会考虑双方的经济状况，以确保孩子能够得到充分的抚养和照顾。如果一方经济状况较好，且能够提供更好的生活条件和教育资源，法院可能会倾向于将抚养权判给这一方。
   • 家庭环境和社会关系：除了经济状况外，法院还会考虑双方的家庭环境和社会关系，包括家庭氛围、亲子关系、社交圈子等，以确保孩子能够在一个健康、和谐的环境中成长。

举例说明：假设一对夫妻离婚后，发现孩子并非丈夫的亲生子女。在这种情况下，如果丈夫愿意继续抚养孩子，并且孩子也愿意与丈夫生活，法院可能会考虑维持现有的抚养关系。然而，如果丈夫不愿意继续抚养，或者双方无法就抚养权达成一致，法院可能会根据孩子的利益、双方的经济状况、家庭环境等因素来判定抚养权归属，并可能要求孩子的亲生父母或其他法定监护人承担抚养费。

建议：在处理此类案件时，建议双方保持冷静和理性，通过协商或调解来寻求最佳解决方案。如果无法达成一致，可以寻求法律援助或向法院提起诉讼，由法院根据具体情况作出公正判决。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。