作为拥有多领域法律实务经验的律师，针对“项目经理起诉了公司怎么处理”这一问题，核心结论需分情况讨论，具体如下：

1. 确认起诉原因与诉求
   首先需明确项目经理起诉公司的具体事由（如劳动争议、合同纠纷、侵权责任等）及诉讼请求（如追讨工资、赔偿损失、解除合同等）。不同案由涉及的法律关系和程序差异较大，例如：

   • 劳动争议：若因拖欠工资、未签劳动合同等起诉，需依据《劳动合同法》处理，可能涉及劳动仲裁前置程序；
     
   • 合同纠纷：若因项目合作协议、承包合同等起诉，需依据《民法典》合同编分析合同效力及违约责任；
     
   • 侵权责任：若因公司行为导致项目经理人身或财产损害（如工伤、职务侵权），需依据《民法典》侵权责任编处理。
     

2. 公司应对策略

   • 积极应诉：
     
     • 收集证据：根据起诉事由整理相关证据（如合同、工资记录、沟通记录、项目文件等），证明公司无过错或已履行义务；
       
     • 法律分析：委托律师评估案件胜诉率，制定答辩策略（如主张合同无效、已履行付款义务、项目经理存在过错等）；
       
     • 参与程序：按时提交答辩状、参加庭审，避免因缺席判决导致不利后果。
       
   • 协商和解：
     
     • 若争议金额较小或证据对公司不利，可主动与项目经理协商和解，签订和解协议并履行（如支付欠款、调整合作条款等），降低诉讼成本和时间成本。
       
   • 反诉或抗辩：
     
     • 若项目经理存在违约或侵权行为（如挪用项目资金、泄露商业秘密），公司可提出反诉或抗辩，要求其赔偿损失或承担违约责任。
       

3. 风险防范与后续管理

   • 完善内部制度：
     
     • 规范合同管理（如明确权利义务、违约责任、争议解决方式）；
       
     • 加强项目资金监管（如建立审批流程、定期审计）；
       
     • 完善劳动用工制度（如签订书面劳动合同、按时足额支付工资）。
       
   • 法律培训：
     
     • 定期对管理层和员工进行法律培训，提高风险意识，避免因操作不规范引发纠纷。
       

总结：公司需根据起诉原因制定针对性策略，优先通过协商解决争议，若无法和解则积极应诉并完善内部管理。如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我将结合细节提供更精准的法律建议。