妨碍交通工具正常行驶的案件，一般由公安交通管理部门（交警部门）负责管理。以下从几个方面为你详细分析：

1. 职责划分：

   • 公安交通管理部门（交警部门）是公安机关中专门负责道路交通管理工作的部门，其职责包括维护交通秩序、处理交通事故、查处交通违法行为等。妨碍交通工具正常行驶，显然属于交通违法行为的一种，因此由交警部门负责管理是合理的。

2. 法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路交通安全法》等相关法律法规，交警部门有权对道路上的交通违法行为进行查处，包括妨碍交通工具正常行驶的行为。这些法律法规为交警部门处理此类案件提供了明确的法律依据。

3. 实际操作：

   • 在实际操作中，如果有人妨碍交通工具正常行驶，如故意堵塞交通、在道路上设置障碍物等，交警部门会迅速出警，对现场进行勘查，收集证据，并根据相关法律法规对违法行为人进行处罚。这既维护了交通秩序，也保障了其他交通参与者的合法权益。

4. 特殊情况：

   • 当然，如果妨碍交通工具正常行驶的行为涉及其他警种管辖的犯罪行为，如故意毁坏财物、寻衅滋事等，那么案件可能会由相应的警种（如刑侦部门）介入调查。但在大多数情况下，这类行为主要构成的是交通违法行为，因此由交警部门负责管理。

总结与建议：

• 妨碍交通工具正常行驶的案件，一般由公安交通管理部门（交警部门）负责管理。
• 如果你遇到了此类情况，或者对相关法律法规有疑问，可以直接向我咨询。我会根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和帮助。