巧立科研项目增加工程费用，这一行为是否违反规定，需结合具体情况来判断，但通常来说，这种行为可能涉嫌违规或违法。以下从几个角度进行详细分析：
合同条款角度：
- 在建设工程合同中，工程费用的计算和支付通常都有明确的约定。如果合同中明确规定了工程费用的范围、计算方式以及变更程序，那么任何超出合同约定的费用增加，都需要经过双方协商一致，并按照合同约定的程序进行变更。
- 巧立科研项目增加工程费用，如果未经合同双方协商一致，或者未按照合同约定的程序进行变更，就可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。
法律法规角度：
- 根据《中华人民共和国招标投标法》等相关法律法规，建设工程项目的招标、投标、评标、定标等过程都需要严格遵守法定程序和规定。如果通过巧立科研项目的方式，规避了法定的招标、投标程序，或者以不正当手段影响评标、定标结果，就可能构成违法行为。
- 此外，如果巧立科研项目增加的费用涉及虚报、冒领、挪用等违法行为，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中的相关条款，如贪污罪、挪用公款罪等。
行业规范角度：
- 建设工程行业有其自身的行业规范和道德准则。巧立科研项目增加工程费用，可能破坏行业的公平竞争环境，损害其他合法经营者的利益，从而违反行业规范。
- 这种行为还可能引发公众对建设工程行业的信任危机，影响行业的整体形象和声誉。
法律建议：
- 对于建设单位和施工单位而言，应当严格遵守合同条款和法律法规的规定，确保工程费用的计算和支付合法合规。
- 如果确实需要增加工程费用，应当通过合法途径进行协商和变更，如签订补充协议、申请工程变更等。
- 同时，建议加强内部管理和监督，防止个别人员利用职权之便，通过巧立科研项目等方式谋取私利。
可能的法律后果：
- 如果巧立科研项目增加工程费用的行为被认定为违约或违法，相关责任方可能需要承担违约责任、行政责任甚至刑事责任。
- 违约责任可能包括赔偿损失、支付违约金等；行政责任可能包括罚款、没收违法所得、责令停业整顿等；刑事责任则可能涉及有期徒刑、罚金等。
综上所述，巧立科研项目增加工程费用这一行为，在多数情况下可能涉嫌违规或违法。因此，建议相关单位和个人在处理此类问题时，务必谨慎行事，确保合法合规。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。