针对您提出的“医院重复收费部门怎么处理”的问题，这确实是一个涉及医疗保障基金使用和监管的重要议题。以下是我根据相关法律法规和实际案例，为您提供的详细解答：

一、重复收费行为的认定

首先，需要明确的是，医院重复收费行为是指医院在提供医疗服务过程中，对同一服务项目或药品进行多次收费，或者将应一次性收取的费用分解为多次收取的行为。这种行为违反了《医疗保障基金使用监督管理条例》中关于不得重复收费的规定。

二、处理流程

1. 核查与立案：

   • 医保部门在接到相关线索或进行日常核查时，若发现医院存在重复收费等违规行为，将予以立案调查。

2. 调查取证：

   • 医保部门会抽取涉及参保人的病历资料，初步掌握重复收费等行为的具体情形。
   • 通过询问医院相关负责人、核实医保电子数据等方式，进一步确认违规事实及涉及金额。

3. 审核申诉：

   • 若医院对初步调查结果有异议，可提交申诉材料。医保部门将审核申诉材料，并结合当地医保服务中心提供的医保智能审核扣减情况说明及相关佐证资料，确定最终违规金额。

4. 处理决定：

   • 根据调查结果和法律法规，医保部门将责令医院改正违法行为，并退回违规使用的医保基金。
   • 同时，根据违规情节的严重程度，处以造成损失金额1倍以上2倍以下的罚款。若医院拒不改正或造成严重后果，还可能面临暂停相关责任部门医药服务、解除服务协议甚至吊销执业资格等更严厉的处罚。

三、实际案例参考

以黄冈市某医院为例，该医院在2022年1月1日至2023年12月31日期间存在重复收费等违规行为，涉及违法违规使用医保基金231700.76元。经调查核实后，黄冈市医保局责令该医院退回医保基金218513.63元（扣除申诉金额后），并处以327770.45元的罚款（按造成损失金额的1.5倍计算）。

四、建议与措施

1. 加强内部管理：

   • 医院应建立健全内部收费管理制度，加强对收费人员的培训和管理，确保收费行为的合规性。

2. 强化医保基金监管：

   • 医保部门应加大对医院收费行为的监管力度，定期开展核查和抽查工作，及时发现并纠正违规行为。

3. 提高公众意识：

   • 通过宣传教育等方式提高公众对医保基金使用的认识和理解，鼓励公众积极参与监督举报工作。

综上所述，医院重复收费行为将受到严格的法律监管和处罚。医院应自觉遵守相关法律法规和规章制度，确保收费行为的合规性；同时，医保部门也应加强监管力度，保障医保基金的安全和有效使用。