驾驶电动摩托车罚款1000元是否合理，需结合具体违法行为和地方性法规综合判断，可能存在以下两种情况：

1. 若因“无证驾驶”被处罚
   根据《道路交通安全法》第九十九条，未取得机动车驾驶证驾驶机动车的，可处200-2000元罚款。若当地将电动摩托车纳入机动车管理范畴（需通过工信部《道路机动车辆生产企业及产品公告》目录），且驾驶人未取得摩托车驾驶证（如E证），则罚款1000元属于合法处罚幅度。
   典型场景：驾驶人未考取摩托车驾照，或持C证驾驶电动摩托车（准驾车型不符）。

2. 若因“未悬挂号牌”或“伪造号牌”被处罚
   根据《道路交通安全法》第九十五条，未悬挂号牌上路行驶的，可扣车并处20-200元罚款；若使用伪造、变造号牌，则可处2000-5000元罚款并拘留。若当地对电动摩托车号牌管理严格，且存在未登记上牌或套牌行为，罚款1000元可能属于从重处罚情形。
   典型场景：电动摩托车未登记注册，或使用其他车辆号牌。

关键提醒：

• 电动摩托车是否属于机动车需以当地交管部门认定为准（部分地区对轻便电动摩托车有特殊规定）；
  
• 处罚合理性需结合具体违法行为、地方性法规（如《XX省电动自行车管理条例》）及执法自由裁量权综合判断；
  
• 若对处罚有异议，可申请行政复议或提起行政诉讼，需在收到处罚决定书60日内提出。
  

建议核实处罚决定书中的违法代码和法律依据，若有疑问可进一步向我咨询具体细节。