肇事机动车被申请保全但机动车有贷款的情况下，车辆仍可被保全，贷款的偿还责任与车辆保全不冲突，但后续处理需考虑贷款情况。以下是详细分析：

1. 车辆保全的法律依据与程序
   根据《民事诉讼法》第103条，为防止财产转移、保障判决执行，利害关系人可向法院申请财产保全。肇事车辆作为责任财产，即使存在贷款，法院仍可依法查封、扣押或冻结。保全程序启动后，车辆将由法院控制，未经许可不得转移或处分。

2. 贷款对保全的影响

   • 贷款合同独立性：车辆贷款是车主与金融机构的债权债务关系，与交通事故责任纠纷无关。保全仅限制车辆处分权，不改变贷款合同效力，车主仍需按期还款。
     
   • 抵押权优先性：若车辆已设定抵押（如贷款购车），金融机构作为抵押权人，在车辆处置时享有优先受偿权。保全期间，抵押权人可申请参与分配，但保全措施本身不剥夺其优先权。

3. 保全后的处理方式

   • 继续还款义务：车主需按贷款合同约定还款，否则可能面临逾期罚息、信用记录受损等后果。若因保全导致车辆无法使用，可与金融机构协商调整还款计划（如延期、减免部分利息），但需以合同约定或金融机构同意为前提。
     
   • 车辆处置与债务清偿：若案件进入执行阶段，车辆可能被拍卖。拍卖所得需优先偿还抵押贷款，剩余部分用于赔偿事故受害方。若拍卖款不足以清偿贷款，车主仍需承担剩余债务；若有余款，则按责任比例分配给受害方。
     
   • 提供担保解除保全：车主可向法院提供等值财产担保（如现金、其他房产），申请解除车辆保全，以恢复车辆使用或处置权。但需注意，担保财产需足以覆盖保全金额，且法院可能要求担保财产无权利瑕疵。

4. 特殊情形处理

   • 贷款机构介入：若金融机构主张抵押权，可向法院申请“带押拍卖”，即允许车辆在存在抵押的情况下拍卖。此时，买受人需同时承担偿还贷款的义务，或与金融机构协商解除抵押。
     
   • 车主无力还款：若车主因事故丧失还款能力，可与金融机构协商债务重组（如延长还款期限、降低利率），或申请个人破产（若当地法律允许）。但破产程序可能影响车主信用，需谨慎评估。

建议：

• 若您是车主，及时与贷款机构沟通还款计划，避免逾期；同时向法院说明贷款情况，配合保全程序。
  
• 若您是受害方，关注车辆处置进度，确保拍卖款优先用于赔偿；若车主无力偿还贷款，可要求法院追加其他财产执行。
  
• 具体操作需结合案件细节（如贷款金额、车辆价值、事故责任比例），建议提供更多信息以便进一步分析。