针对在境外多个不同犯罪窝点工作，部分窝点查证了犯罪数额、部分窝点未查证犯罪数额的情况，处理方式需结合具体犯罪类型、证据状况及法律适用原则综合判断。以下是分情况说明：

1. 若各窝点行为构成同一犯罪（如诈骗罪、走私罪等）

   • 查证部分：已查证的犯罪数额可直接作为定罪量刑依据，需结合犯罪手段、参与程度等确定个人责任。
     
   • 未查证部分：若能通过其他证据（如同案犯供述、电子数据、资金流向等）证明存在犯罪行为，可依据《刑事诉讼法》第55条“证据确实、充分”标准，通过推定或综合认定方式确定数额；若证据不足，则可能不予认定，但不影响已查证部分的追责。
     
   • 关键点：需证明各窝点行为属于同一犯罪链条，且个人参与整体犯罪的故意明确。

2. 若各窝点行为构成不同犯罪（如同时涉及诈骗与洗钱）

   • 查证部分：分别以查证的数额定罪，例如诈骗罪按诈骗数额、洗钱罪按洗钱数额处罚。
     
   • 未查证部分：若未查证行为构成独立犯罪，需单独收集证据；若证据不足，则仅对查证部分追责。
     
   • 关键点：需区分不同犯罪的构成要件，避免数额重复计算或遗漏。

3. 跨国司法协作与证据认定

   • 境外证据效力：根据《刑事诉讼法》第18条及国际条约，境外获取的证据需经法定程序转化（如公证、认证）才能作为定案依据。若部分窝点证据因程序问题无法采信，可能影响数额认定。
     
   • 共同犯罪中的责任分担：若属于共同犯罪，即使部分窝点数额未查证，也可根据主犯、从犯地位及作用，参照已查证数额分配责任（如按比例或推定参与程度）。

4. 量刑时的综合考量

   • 已查证数额：直接作为量刑基准，例如诈骗罪中“数额巨大”“数额特别巨大”的界限。
     
   • 未查证部分：若能证明存在“多次犯罪”或“犯罪情节严重”，即使数额未查证，也可依据《刑法》第64条或相关司法解释（如《关于办理电信网络诈骗等刑事案件适用法律若干问题的意见》）从重处罚。
     
   • 认罪认罚与退赃：若被告人自愿认罪并退赔部分损失，可依据《刑事诉讼法》第15条从宽处理，但不影响未查证部分的证据审查。

建议：

• 尽快委托律师介入，梳理各窝点证据链条，区分犯罪性质与数额；
  
• 申请司法机关通过国际刑事合作（如引渡、司法协助）补充未查证部分的证据；
  
• 结合被告人参与程度、主观恶性等，争取从轻或减轻处罚。
  

如有具体案情或证据材料，可进一步向我咨询，我会结合细节提供针对性分析。