结论：公司合同变为欠条但没有盖公司章，是否与公司还有关系，这取决于欠条的具体内容、形成过程以及相关证据情况，不能一概而论。以下从不同角度进行分析：

1. 欠条内容明确且与公司相关：

   • 如果欠条中明确写明了欠款人是公司，或者欠条的内容能够直接反映出与公司之间的债权债务关系（例如，欠条中提到了原合同编号、项目名称等与公司直接相关的信息），那么即使欠条上没有加盖公司公章，也有可能被认定为公司的债务。
   • 在这种情况下，债权人可以依据欠条向公司主张权利，公司可能需要承担还款责任。但公司可能会提出抗辩，如欠条并非公司真实意思表示、欠条形成过程存在瑕疵等，此时需要债权人提供进一步证据来证明欠条的有效性。

2. 欠条内容不明确或与公司无直接关联：

   • 如果欠条中并未明确写明欠款人是公司，或者欠条的内容无法直接反映出与公司之间的债权债务关系，那么该欠条可能被视为个人债务，与公司无关。
   • 在这种情况下，债权人难以直接向公司主张权利，而可能需要向出具欠条的个人追讨欠款。

3. 欠条形成过程的合法性：

   • 无论欠条内容如何，其形成过程都必须合法。如果欠条是在欺诈、胁迫等非法手段下形成的，那么该欠条可能被认定为无效。
   • 此外，如果欠条的形成过程存在瑕疵（如未经公司授权的个人出具欠条），也可能影响其法律效力。

4. 相关证据的重要性：

   • 在处理此类纠纷时，相关证据至关重要。债权人需要提供证据证明欠条与公司之间的关联性，以及欠条形成过程的合法性。
   • 这些证据可能包括原合同、交易记录、沟通记录、证人证言等。证据越充分，债权人主张权利的成功率就越高。

法律建议：

• 对于债权人而言，如果持有未加盖公司公章的欠条，应尽快收集相关证据，以证明欠条与公司之间的关联性以及欠条形成过程的合法性。
• 对于公司而言，如果收到此类欠条的追讨请求，应仔细审查欠条内容、形成过程以及相关证据，必要时可寻求法律帮助以维护自身权益。
• 在日常经营中，公司应加强合同管理，确保所有合同和债务文件都加盖公司公章或由授权人员签署，以降低法律风险。

可能法律后果：

• 如果欠条被认定为有效且与公司相关，公司可能需要承担还款责任，并可能面临法律诉讼和信用损失等后果。
• 如果欠条被认定为无效或与公司无关，债权人可能需要向出具欠条的个人追讨欠款，而公司则无需承担还款责任。但公司仍需注意防范类似风险，避免未来再次发生类似纠纷。

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