交警扣押停在车位的电动自行车是否合法，这主要取决于扣押的具体情形和法律依据。以下是我从多个角度为你进行的分析：
合法扣押的情形
电动车存在违法行为：
- 如果电动车未悬挂号牌、驾驶人无相应驾驶证，或者电动车存在其他交通违法行为（如闯红灯、逆行等），且这些行为违反了《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，交警在依法进行处罚的过程中，有权扣留电动车。例如，根据《中华人民共和国道路交通安全法》第八条和第九十五条，未悬挂机动车号牌的机动车上路行驶，公安机关交通管理部门应当扣留机动车。
电动车存在安全隐患：
- 若电动车的制动装置、灯光等安全设施不符合安全技术标准，存在安全隐患，交警可以依据《中华人民共和国道路交通安全法》第二十一条的规定，扣留电动车，并要求车主消除隐患。
交通事故调查取证：
- 如果电动车涉及交通事故，且交警因收集证据的需要，可以依据《中华人民共和国道路交通安全法》第七十二条的规定，扣留事故车辆，包括电动车，以进行勘验、检查。
拒绝接受罚款处罚：
- 依据《中华人民共和国道路交通安全法》第八十九条，若电动车驾驶人违反道路通行规定且拒绝接受罚款处罚，交警有权扣留电动车。
不合法扣押的情形
没有法定依据：
- 如果电动车正常停放、手续齐全且未违反任何交通规则，交警无故扣车则是不合法的。
未按法定程序：
- 交警扣车时必须出具正规的扣车凭证，并告知当事人扣车原因、依据及其享有的权利。若未遵循此程序，如未出具扣车凭证或未告知相关权利，则属于违法的扣车行为。
当事人权益保障
- 行政复议或行政诉讼：若你认为交警的扣车行为不合法，可以通过向交警部门的上级机关或同级人民政府提出行政复议，或直接向人民法院提起行政诉讼来维护自己的权益。
- 车辆保管与退还：在扣留电动车过程中，交警应妥善保管车辆。若你能提供相应的牌证、标志或补办相应手续，交警应及时退还车辆。
- 协商与和解：双方若协商一致达成和解，可在签订和解协议后立即放车。若交警在10个工作日内作出事故责任认定书，认定书出来后的第三天即可放车（除非对方提出财产保全）。
总结来说，交警扣押停在车位的电动自行车是否合法，需根据具体情形和法律依据来判断。如果你认为扣车行为不合法，可以通过法律途径来维护自己的权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。