在处理滥用职权罪中的共同犯罪违法所得追缴问题时，这是一个涉及法律程序与多方利益平衡的复杂过程。以下是对此问题的详细解答：
一、追缴方式
司法机关追缴：
- 侦查阶段：公安机关或监察机关会全面展开调查，深入查明犯罪嫌疑人的财产状况，并依法采取查封、扣押、冻结等措施，以确保犯罪所得不被转移或隐匿。
- 审查起诉阶段：检察机关会对已查封、扣押、冻结的财物进行细致审查，确认其是否为犯罪所得，并在提起公诉时，将这些财物随案移送至人民法院。
- 审判阶段：人民法院会依据查明的事实和证据，对犯罪所得进行准确认定，并作出责令被告人退赔的处理决定。
被害人提起附带民事诉讼：
- 若滥用职权行为直接导致了被害人的经济损失，被害人有权在刑事诉讼过程中提起附带民事诉讼，要求犯罪嫌疑人赔偿其物质损失。
- 人民法院会依法审理此类附带民事诉讼，并根据事实和法律作出判决，要求被告人承担相应的赔偿责任。若被告人不履行赔偿义务，被害人可申请强制执行。
利害关系人主张权利：
- 当滥用职权行为涉及第三人利益时，该第三人可作为利害关系人，通过民事诉讼等合法途径主张自己的权利，要求返还被非法侵占的财产或获得相应赔偿。
- 利害关系人需按照民事诉讼程序提起诉讼，并提供充分证据证明自己的主张。法院会依法进行审理，并作出公正判决。若判决生效后对方不履行义务，利害关系人可申请强制执行。
拍卖与上缴国库：
- 对于那些无法直接追缴的财物，如房产、车辆等，司法机关可能会依法进行拍卖，将所得款项上缴国库，以体现法律的公正和权威。
二、追缴过程中的法律程序与注意事项
严格遵循法律程序：
- 在整个追缴过程中，必须严格遵守法律规定的程序和要求，确保每一步都合法合规，以维护法律的公正和权威。
保护被害人合法权益：
- 在追缴犯罪所得的同时，应特别关注被害人的合法权益，确保他们能够得到及时、有效的赔偿，以减轻其因犯罪行为所遭受的损失。
追诉时效的考虑：
- 滥用职权罪的追诉时效是根据其可能判处的最高刑罚来确定的。在追诉时效内，相关机关可依法对犯罪嫌疑人进行追诉和审判，以确保犯罪行为得到应有的惩罚。
三、共同犯罪中的特殊考虑
在共同犯罪中，各犯罪嫌疑人可能根据其在犯罪中的作用和地位承担不同的责任。因此，在追缴违法所得时，需要明确各犯罪嫌疑人的责任份额，并依法进行追缴和分配。这要求司法机关在侦查、审查起诉和审判阶段都要进行细致的调查和准确的认定，以确保追缴工作的公正性和有效性。
综上所述，滥用职权罪中的共同犯罪违法所得追缴是一个复杂而细致的过程，需要司法机关、被害人和利害关系人等多方的共同努力和配合。在实际操作中，应综合考虑各种追缴方式的适用情形和法律程序的要求，确保追缴工作的顺利进行，并维护法律的公正和权威。