环境损害赔偿金的计算需结合具体法律规定和损害后果综合判定，针对狩猎三只“三有保护动物”（国家保护的有重要生态、科学、社会价值的陆生野生动物）且鉴定价值900元的情形，赔偿金额可能包含以下部分：

1. 直接经济损失赔偿
   根据《野生动物及其制品价值评估方法》（国家林业局令第46号），“三有保护动物”的价值标准由省级政府制定并公布。若鉴定价值900元已由专业机构依据地方标准评估（如某省规定某物种单只价值300元，三只即900元），则直接经济损失赔偿通常按此金额计算。此部分为赔偿基础，需以合法鉴定结论为准。

2. 生态修复费用
   若狩猎行为导致局部生态系统破坏（如猎物减少影响食物链），需赔偿生态修复费用。例如，恢复栖息地、补充种群等实际支出。此部分需由生态环境部门或专业机构评估后确定，无固定标准。

3. 惩罚性赔偿（可能适用）
   根据《民法典》第1232条，若行为人存在故意污染环境、破坏生态且造成严重后果，被侵权人有权请求惩罚性赔偿。狩猎三只“三有动物”是否构成“严重后果”需结合具体情节判断（如是否濒危、是否导致种群数量锐减等），若构成则可能按直接损失的数倍赔偿。

4. 行政处罚与刑事责任影响

   • 行政处罚：根据《野生动物保护法》第41条，非法狩猎“三有动物”可处猎获物价值一倍以上五倍以下罚款（即900元至4500元）。
     
   • 刑事责任：若使用禁用的工具、方法狩猎，或情节严重（如猎获物数量较多），可能构成非法狩猎罪（《刑法》第341条），但三只“三有动物”通常不构成刑事犯罪（除非属于“情节严重”情形，如多次狩猎、在禁猎区狩猎等）。行政处罚与民事赔偿可并行，但罚款不计入赔偿金。

总结建议：

• 若仅涉及民事赔偿，赔偿金额以鉴定价值900元为基础，可能叠加生态修复费用（需评估）；
  
• 若存在故意或严重情节，可能面临惩罚性赔偿；
  
• 行政处罚与刑事责任需另行处理，不影响民事赔偿计算。
  具体金额需结合地方标准、行为情节及专业评估确定，建议提供更多细节（如狩猎方式、地点、物种名称等）进一步分析。