针对您提出的问题，即“叔叔确权证在侄子名下，叔叔死了，他女儿不在父亲户口本上有承包权吗”，我们可以从以下几个方面进行详细分析：

首先，我们需要明确的是，农村土地承包经营权是以“户”为单位取得的，并非个人遗产。这意味着，土地承包经营权并不直接属于某个家庭成员个人，而是属于整个农户家庭。因此，在讨论继承问题时，我们不能简单地将土地承包经营权视为个人财产进行继承。

接下来，我们分析叔叔去世后土地承包经营权的情况。根据相关法律法规，若承包户内家庭成员全部死亡，因承包主体（农户）已不存在，家庭承包经营权将随权利主体灭失而终止，承包地需由村集体收回后重新发包。在您描述的情况中，如果叔叔是承包户的唯一成员，且他已经去世，那么该农户的土地承包经营权将因权利主体不存在而丧失，承包地将由村集体收回。

然后，我们考虑叔叔女儿的情况。虽然叔叔的女儿不在父亲的户口本上，但子女的继承权与户口之间没有关联性。然而，在土地承包经营权的问题上，由于它并非个人遗产，因此不直接产生继承效力。叔叔的女儿作为潜在的第一顺序继承人，在叔叔去世后，并不能直接继承土地承包经营权，因为该权利已经随农户主体的灭失而终止。

最后，我们还需要注意到，若子女户口不在农村，则无法合法继承父母遗留的宅基地（虽然这与土地承包经营权不完全相同，但体现了农村土地政策对户口的关联性）。这一规定旨在保障农村集体土地权益，确保土地资源的合理利用。虽然这并不直接涉及土地承包经营权的继承问题，但反映了农村土地政策对户口的重视。

综上所述，叔叔去世后，其土地承包经营权将因农户主体的灭失而终止，承包地将由村集体收回。叔叔的女儿作为潜在的第一顺序继承人，并不能直接继承土地承包经营权。如果叔叔的女儿希望获得土地承包经营权，她需要与村集体进行协商，看是否能够通过其他方式（如重新承包）获得土地。