施工合同纠纷立案时，确实可以选择合同纠纷作为案由进行立案。以下是对此问题的详细分析：
一、施工合同纠纷与合同纠纷的关系
施工合同，本质上是一种特殊的合同类型，它涉及到建设工程的承揽、施工、验收等环节。当施工合同双方因合同履行、违约责任等问题产生纠纷时，这种纠纷本质上属于合同纠纷的范畴。因此，在立案时，选择合同纠纷作为案由是合理的。
二、立案条件
根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，施工合同纠纷（即合同纠纷的一种）要立案，需满足以下条件：
原告与本案有直接利害关系：
- 原告必须是施工合同的当事人之一，如承包商或发包方，且其权益受到侵害或争议。
有明确的被告：
- 原告必须明确指出与其发生纠纷的对方当事人，包括被告的姓名、名称、住所等信息，以便法院能够准确送达法律文书。
有具体的诉讼请求和事实、理由：
- 原告需要明确提出自己的诉讼主张，如要求支付工程款、赔偿损失、解除合同等。
- 同时，原告需要提供支持其诉讼请求的事实和理由，包括合同签订情况、履行情况、违约行为等，这些事实和理由应当具有客观性和真实性，并能够通过证据加以证明。
属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖：
- 施工合同纠纷属于民事纠纷范畴，且应提交给有管辖权的人民法院。一般来说，建设工程施工合同纠纷由不动产所在地（即建设工程所在地）的人民法院管辖。
三、立案流程与注意事项
准备起诉材料：
- 包括起诉状（需写明原被告身份信息、诉讼请求、事实与理由等）、证据材料（如合同文本、履行情况证明、违约行为证据等）以及双方身份证明文件。
向法院提交起诉材料：
- 将准备好的起诉材料提交给有管辖权的人民法院，并缴纳相应的诉讼费用。
法院审查立案：
- 法院会对提交的起诉材料进行审查，确认是否符合立案条件。如果符合，法院会予以立案，并通知双方当事人；如果不符合，法院会要求补正或作出不予受理的决定。
注意事项：
- 选择正确的管辖法院：施工合同纠纷一般由工程所在地或被告住所地人民法院管辖，具体需根据法律规定和合同约定确定。
- 确保起诉材料的真实性和完整性：提供的证据材料必须真实有效，能够充分支持原告的诉讼请求。
- 注意诉讼时效：施工合同纠纷的诉讼时效一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。超过诉讼时效期间起诉的，可能面临丧失胜诉权的风险。
四、纠纷解决方式建议
在发生施工合同纠纷时，除了诉讼外，当事人还可以根据具体情况选择其他解决方式：
协商：
- 首先尝试通过友好协商解决纠纷，这是最高效且成本最低的方式。
调解：
- 若协商无果，可考虑寻求第三方调解机构进行调解，以达成双方都能接受的解决方案。
仲裁：
- 如果合同中约定了仲裁条款，或者双方同意选择仲裁作为解决方式，可以按照仲裁程序进行裁决。仲裁结果具有法律效力，且通常比诉讼更快捷。
综上所述，施工合同纠纷在立案时可以选择合同纠纷作为案由，并需满足法定的立案条件。当事人在处理此类纠纷时，应根据具体情况选择合适的解决方式，并充分准备相关证据材料，以维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。