当妻子拒绝让儿子进行亲子鉴定时，法院的处理方式会严格依据相关法律法规，并结合案件的具体情况来综合判断。以下是对此问题的详细解答：

一、法律依据

首先，我们需要明确的是，这一问题的处理主要依据《中华人民共和国民法典》及其相关司法解释。具体来说：

• 《民法典》第一千零七十三条：明确规定了当对亲子关系有异议且有正当理由时，父或母（以及成年子女）可以向人民法院提起诉讼，请求确认或否认亲子关系。
• 《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国民法典〉婚姻家庭编的解释（一）》第三十九条：进一步细化了在亲子鉴定问题上的举证责任和推定规则。它指出，如果一方提供了必要证据来支持其关于亲子关系的异议，而另一方没有相反证据且拒绝进行亲子鉴定，那么法院可以认定提出异议一方的主张成立。

二、法院处理方式

在处理此类案件时，法院通常会遵循以下步骤：

1. 审查诉讼请求与证据：

   • 法院会首先审查原告（通常是提出亲子关系异议的父亲）的诉讼请求是否合理，即是否有正当理由怀疑亲子关系的真实性。
   • 同时，法院会要求原告提供必要的证据来支持其主张，这些证据可能是间接的，如时间线不符、血型不匹配等。

2. 通知被告并释明法律后果：

   • 法院会依法通知被告（妻子）参加诉讼，并向其详细解释拒绝进行亲子鉴定的法律后果。
   • 如果被告同意进行亲子鉴定，法院将委托具备资格的鉴定机构进行鉴定，并根据鉴定结果作出判决。

3. 处理被告拒绝鉴定的情况：

   • 如果被告拒绝进行亲子鉴定，且原告已经提供了必要证据予以证明，而被告没有相反证据，法院将根据法律规定推定原告的主张成立。
   • 具体来说，如果原告主张否认亲子关系，法院将判决确认原、被告之间不存在亲子关系；如果原告主张确认亲子关系，且符合相关条件，法院也将判决确认亲子关系存在。

4. 特别关注未成年子女的权益：

   • 在处理此类案件时，法院会特别关注未成年子女的权益保护。
   • 如果亲子关系的确认或否认可能对未成年子女的成长产生重大影响，法院可能会采取更加谨慎的态度，并在必要时征求未成年子女的意见或指定监护人代为行使权利。

三、实际案例与推定规则

在司法实践中，如果妻子无正当理由拒绝配合亲子鉴定，而丈夫已经提供了必要证据（如婚姻存续期间、受孕时间、当事人陈述等形成的证据链）来支持其关于亲子关系的异议，法院可能会直接推定丈夫的主张成立。这一规则既体现了举证责任分配的合理性，也强化了法律对家庭关系真实性的维护力度。

综上所述，当妻子拒绝让儿子进行亲子鉴定时，法院会依据相关法律法规和案件具体情况进行综合判断，并可能推定提出异议一方的主张成立。因此，在处理此类问题时，建议当事人充分了解相关法律法规，并积极配合法院的审理工作。