您好，关于您提出的“有驾驶证的人驾驶电动自行车违章，罚款是否要扣分”的问题，这主要取决于您所驾驶的电动自行车的性质以及具体的违章行为。

首先，我们需要明确电动自行车的性质。电动自行车如果符合新国标标准，那么它属于非机动车范畴。根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，驾驶非机动车违反道路交通安全法律、法规的，通常会面临警告或者五元以上五十元以下的罚款，但这种违章行为不会对您持有的机动车驾驶证进行扣分。

然而，如果您驾驶的是电动轻便摩托车或电动摩托车，这两类车辆在法律上被归类为机动车，需要纳入交通管理体系。在这种情况下，如果您违章驾驶，交通管理部门将依据《道路交通安全违法行为记分管理办法》对您的违章行为进行扣分处理，并将扣分记录在您持有的机动车驾驶证上。例如，如果您酒后驾驶这类电动车，将按照酒后驾驶机动车的标准进行处罚和扣分。

此外，还有一些特殊情况需要注意。如果您持汽车驾驶证驾驶超标电动车（如某些电动三轮车等），这可能被视为“驾驶与准驾车型不符的机动车”，根据相关规定，这种行为可能会一次记12分（或有说法称从2025年起扣9分，并罚款2000元）。同时，酒后驾驶电动车同样会受到严厉处罚，包括罚款、扣留车辆、吊销驾驶证等。

最后，我想提醒您，随着电动车管理政策的不断完善，车主应关注最新的上路要求，确保行车安全和合规性。例如，自2025年2月起，所有电动车必须持有合法牌照和相应证件，电动自行车需办理注册登记，领取号牌和行驶证；机动车类型的电动车则需持有有效驾驶证和行驶证。同时，电动车需严格遵守交通规则，不闯红灯、不逆行、不随意变道、不超速行驶，并在规定车道内行驶。

综上所述，有驾驶证的人驾驶电动自行车违章是否会被扣分，主要取决于所骑电动车的类型以及具体的违章行为。在骑行前，请务必了解清楚所在地的法律法规以及电动车的具体性质，以确保自己能够合法、安全地行驶在路上。