刑事案件普通程序的审理期限并非固定为90天或简单的三个月，而是根据案件的具体情况和法律规定有所变动。以下是对这一问题的详细解析：
一、一审阶段审理期限
一般情形：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，人民法院审理公诉案件，应当在受理后二个月以内宣判，至迟不得超过三个月。这是大多数公诉案件的基本审理期限，也是您所提到的“三个月”的来源。但需要注意的是，这里的“三个月”是一个上限，并非所有案件都会审理满三个月。
特殊延期情形：
- 对于可能判处死刑的案件、附带民事诉讼的案件，或存在特定复杂情形（如交通十分不便的边远地区的重大复杂案件、重大的犯罪集团案件、流窜作案的重大复杂案件、犯罪涉及面广且取证困难的重大复杂案件），经上一级人民法院批准，可以延长三个月。这意味着，在特定情况下，一审的审理期限可以延长至六个月。
- 若在特殊情况下还需进一步延长审理期限，需报请最高人民法院批准。这进一步体现了法律对审理期限的灵活性和严谨性。
检察院补充侦查后的重新计算：
- 若人民检察院在审判期间补充侦查并提出新的起诉意见，人民法院应同意，并在宣布休庭或延期审理后重新计算审理期限。这种情况下，审理期限会因补充侦查而延长。
二、二审阶段审理期限
- 第二审人民法院受理上诉、抗诉案件后，一般应在二个月以内审结。对于可能判处死刑的案件、附带民事诉讼的案件，或存在特定复杂情形的案件，经省、自治区、直辖市高级人民法院批准或决定，可以延长二个月。若有特殊情况还需延长，需报请最高人民法院批准。
三、关于“90天”的说明
- “90天”并非刑事案件普通程序审理期限的固定标准。在某些情况下，如果案件不复杂，且没有需要延期的特殊情形，审理期限可能会短于三个月（即90天）。但同样，如果案件复杂或存在需要延期的情形，审理期限可能会超过三个月。
四、法律建议
- 对于涉及刑事案件的当事人来说，了解审理期限的相关规定非常重要。这有助于您更好地规划自己的时间和策略，以及维护自己的合法权益。
- 如果您对案件的审理期限有疑问或担忧，建议及时与承办案件的法官或检察官沟通，了解案件的进展情况和可能的审理期限。
- 同时，您也可以咨询我，作为专业律师，我可以根据您的具体情况和案件进展，为您提供更详细的法律建议和帮助。
综上所述，刑事案件普通程序的审理期限并非固定不变，而是会根据案件的复杂性、证据的充分性以及其他法定因素进行灵活调整。希望以上解答能对您有所帮助。如果您有任何其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。