撤诉后是否会有案底，主要取决于案件的性质、撤诉的阶段以及撤诉的具体原因。一般来说，若因没有犯罪事实或依法不追究刑事责任而撤诉，则不会留下案底；但若已构成犯罪但因特定原因（如情节轻微）而撤诉，或检察院作出酌定不起诉决定，则可能会留下相关记录。以下是对这一问题的详细分析：
一、不构成犯罪的撤诉
侦查阶段撤诉：
- 在侦查过程中，若公安机关或其他侦查机关发现不应对犯罪嫌疑人追究刑事责任的，如案件属于误会、所谓的“犯罪行为”实际并未发生，或犯罪嫌疑人的行为情节显著轻微、危害不大且不认为是犯罪，应当撤销案件。此情况下，因未认定犯罪嫌疑人构成犯罪，故不会留下案底。
审查起诉阶段撤诉：
- 检察机关在审查起诉时，若发现犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或存在《刑事诉讼法》第十六条规定的情形（如情节显著轻微、危害不大；犯罪已过追诉时效期限等），应作出不起诉决定。对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或免除刑罚的，检察院也可作出不起诉决定。这两种不起诉决定均意味着犯罪嫌疑人不会被交付审判，因此不会有犯罪记录，即不会留下案底。但需注意，若是检察院作出的酌定不起诉决定，其不起诉决定书会存入个人档案，可能视为一种特殊记录，不过这并不等同于犯罪案底。
二、构成犯罪但特殊情况撤诉
- 在某些特定的自诉案件中，若被害人与被告人达成和解协议，被害人主动撤回起诉，且犯罪事实确实存在，只是基于被害人的意愿而撤诉，严格来说行为人的行为依然构成犯罪。但由于没有经过法院的有罪判决，从通常所理解的“案底”（即犯罪记录）角度，可能不会在官方的犯罪记录档案中留下记录。然而，司法机关处理案件过程中形成的相关材料可能会有留存。
三、存在特殊记录的情况
- 即使案件撤诉没有犯罪记录，但在案件办理过程中，若发现有相关的行政违法行为并给予了行政处罚（如罚款、行政拘留等），则会留下行政处罚的记录。这种记录虽不同于犯罪案底，但也属于一种不良记录，可能对个人的未来产生一定影响，例如在申请特定行业许可证或某些就业岗位时可能受到限制。
四、检察院撤诉的具体情形与影响
- 检察院撤诉可能基于多种原因，如不存在犯罪事实、犯罪事实并非被告人所为、情节显著轻微不认为是犯罪、证据不足或证据发生变化不符合起诉条件等。在这些情况下，撤诉后一般不会留下案底。但当事人仍需注意，撤诉并不意味着其行为完全不被追究法律责任。若后续发现新证据或符合起诉条件，检察院仍可再次提起诉讼。
五、建议与注意事项
- 保留相关证据：无论撤诉后是否会留下案底，当事人都应妥善保留与案件相关的所有证据和文件，以备不时之需。
- 关注案件后续发展：撤诉并不意味着所有法律问题的终结。当事人应关注案件的后续发展及可能产生的法律后果，如民事赔偿、行政处罚等。
- 咨询专业律师：虽然我在此提供了全面的分析，但每个案件的具体情况都有所不同。若你对撤诉后是否会留下案底仍有疑问，或需要针对个人案件的具体法律建议，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律分析和建议。
综上所述，撤诉后是否会有案底取决于多种因素。在处理此类问题时，建议当事人充分了解相关法律规定和案件具体情况，以便做出明智的决策。