核心结论：关于几十年前将农田填成院子后的赔偿问题，需分情况讨论，主要取决于土地性质变更的合法性、当前土地用途规划以及当地具体政策。以下是具体分析：

1. 若土地性质变更未经合法审批
   根据《土地管理法》第七十七条，未经批准非法占用土地的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令退还非法占用的土地。若您的院子属于未经审批擅自将农田改为建设用地（即使已存在几十年），理论上可能面临：

   • 行政处罚：要求恢复土地原状（如挖除填土、复垦为农田）；
     
   • 赔偿争议：若涉及征收，因土地性质仍为农田，可能按农用地标准补偿（如耕地年产值倍数），而非建设用地标准（通常更高）；
     
   • 历史遗留问题处理：部分地区对长期存在且无重大纠纷的违法用地，可能通过补办手续、缴纳罚款等方式“合法化”，但需符合当地政策。

2. 若土地性质变更已合法审批
   若您能提供证据证明当年填土行为已通过合法程序（如申请建设用地许可证、宅基地审批等），则院子属于合法建设用地。此时若遇征收：

   • 补偿标准：按建设用地评估价值补偿，通常包括土地补偿费、安置补助费、地上附着物（如房屋、院墙）补偿等；
     
   • 关键证据：需保留审批文件、土地权属证书（如宅基地证）等，以证明土地性质已合法变更。

3. 当前土地用途规划的影响
   即使院子长期存在，若当地规划已将其纳入耕地保护范围（如基本农田），则可能面临更严格的限制：

   • 征收补偿：可能按农用地标准补偿，但可主张因长期使用产生的“土地改良投入”补偿（如填土成本）；
     
   • 恢复义务：若规划要求复垦，可能需配合恢复，但可争取合理过渡期或补偿。

4. 地方政策差异
   部分地区对历史遗留问题有特殊规定（如“三调”中认定为建设用地但未审批的，可能按“其他草地”补偿）。建议：

   • 查询当地政策：联系当地自然资源局或征收部门，了解具体补偿方案；
     
   • 协商与诉讼：若对补偿标准有异议，可先协商，协商不成可通过行政复议或诉讼主张权益。

行动建议：

1. 立即收集当年填土的相关证据（如证人证言、村委证明、审批文件等）；
   
2. 向当地自然资源局申请信息公开，确认土地现状性质及规划用途；
   
3. 若涉及征收，在补偿协议签订前咨询律师，避免权益受损。
   

如有进一步细节（如是否收到征收通知、是否有权属证书等），可继续向我咨询，我会结合具体情况为您分析。