婚内财产协议由儿女做公证，该协议本身有效，但公证行为因主体不适格而无效。以下从不同角度进行分析：

1. 婚内财产协议本身的效力

   • 根据《民法典》第1065条，夫妻双方可书面约定婚姻关系存续期间所得财产的归属，约定应采用书面形式，对双方具有法律约束力。只要协议内容不违反法律强制性规定（如禁止转移夫妻共同财产损害债权人利益）、不违背公序良俗，且双方意思表示真实，协议即有效。

2. 公证行为的效力问题

   • 公证需由具有公证资格的公证机构或公证员办理（《公证法》第6条）。子女作为非公证主体，无权对父母婚内财产协议进行公证，其“公证”行为不产生法律效力。
   • 若需公证，应由夫妻双方共同向公证处申请，公证员会审查协议真实性、合法性后出具公证书。

3. 实务建议

   • 协议形式：优先选择书面形式，明确财产范围、归属及变更条件（如“某房产归女方所有，男方放弃份额”）。
   • 公证替代方案：若担心协议效力，可：
     1. 双方签字后由律师见证；
     2. 共同向公证处申请公证；
     3. 保留协议签订过程的证据（如录音录像）。
   • 特殊情形：若协议涉及子女利益（如约定财产归子女所有），需明确约定条件（如“子女成年后转移所有权”），否则可能被认定为赠与未完成，父母可撤销。

风险提示：若协议未公证但内容合法，仍有效；但若一方主张协议无效（如称受胁迫签订），未公证的协议可能面临举证困难。建议根据实际情况选择合适的形式固定证据。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体条款设计或证据固定问题。