在刑事诉讼中，申请非法证据排除的主体主要包括犯罪嫌疑人、被告人、辩护人、诉讼代理人以及侦查机关、检察机关和审判机关等司法机关。以下是对这些主体的详细分析：
犯罪嫌疑人、被告人：
- 作为案件的直接利害关系人，犯罪嫌疑人、被告人有权申请排除非法证据。这是保护其合法权益的重要法律手段。例如，若犯罪嫌疑人、被告人认为自己在侦查过程中遭受了刑讯逼供等非法取证行为，而作出了有罪供述，他们有权向办案机关提出排除这些非法取得的证据的申请。
辩护人：
- 辩护人作为犯罪嫌疑人、被告人的法律代理人，有责任维护当事人的合法权益。当辩护人发现存在非法取证的线索或证据时，可以代表犯罪嫌疑人、被告人向办案机关提出排除非法证据的申请。这是辩护人的法定权利，也是其应尽的职责。
诉讼代理人：
- 在刑事诉讼中，诉讼代理人（特别是被害人的诉讼代理人）如果发现案件中存在可能影响公正审判的非法证据，且该证据涉及案件事实认定，诉讼代理人也有权提出排除非法证据的申请。这是为了保护其所代理一方当事人的利益，确保案件的公正审理。
侦查机关、检察机关和审判机关：
- 侦查机关：在侦查过程中，如果侦查机关发现自己或其他侦查人员通过非法方法收集了证据，应当主动排除该非法证据，不得将其作为提请批准逮捕、移送审查起诉的依据。这体现了侦查机关自我纠错的职责。
- 检察机关：人民检察院在审查批准逮捕、审查起诉过程中，有权力也有义务对证据的合法性进行审查。一旦发现存在非法证据，应当依法予以排除，不得将其作为批准逮捕、提起公诉的依据。检察机关作为法律监督机关，承担着监督侦查活动合法性的重要职责。
- 审判机关：人民法院在审判阶段，对于当事人及其辩护人、诉讼代理人提出的排除非法证据申请，应当进行审查。经审查，确认或者不能排除存在以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。同时，即使当事人没有提出申请，人民法院在审理过程中发现有应当排除的证据的，也应当主动依法予以排除。
法律依据与规定：
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十六条明确规定，采用刑讯逼供等非法方法收集的犯罪嫌疑人、被告人供述和采用暴力、威胁等非法方法收集的证人证言、被害人陈述，应当予以排除。收集物证、书证不符合法定程序，可能严重影响司法公正的，应当予以补正或者作出合理解释；不能补正或者作出合理解释的，对该证据应当予以排除。
- 《中华人民共和国刑事诉讼法》第五十八条也规定，当事人及其辩护人、诉讼代理人有权申请人民法院对以非法方法收集的证据依法予以排除。申请排除以非法方法收集的证据的，应当提供相关线索或者材料。
申请排除非法证据的条件与程序：
- 申请人需要向办案机关提供相关线索或者材料，以证明证据可能存在非法收集的情形。这些线索或材料可以是直接的证据，如伤痕照片、录音录像等，也可以是间接的证据，如证人证言、其他嫌疑人的供述等。
- 办案机关在接收到排除非法证据的申请后，应当依法进行审查，并根据审查结果作出是否排除相关非法证据的决定。
综上所述，申请非法证据排除是刑事诉讼中的重要环节，各主体均应依法行使权利、履行义务，共同维护诉讼的公正性和合法性。如果您在刑事诉讼中遇到非法证据排除的问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。