生态环境部门确实有权认定其他有害物质，但这一认定需基于科学依据和法定程序。以下从多个角度进行详细分析：
一、生态环境部门的法定职责
生态环境部门作为环境保护的主管部门，其职责之一就是监测和评估环境质量，包括识别和认定对环境有害的物质。根据《中华人民共和国环境保护法》等相关法律法规，生态环境部门有权对环境中的污染物进行监测、评估和管理，以确保环境质量符合国家标准和公众健康需求。
二、认定其他有害物质的依据
科学依据：生态环境部门在认定其他有害物质时，必须依据科学研究和实验数据。这些数据可能来自国内外的研究机构、大学或专业实验室，它们通过严格的科学实验和数据分析，确定某些物质对环境的潜在危害。
法定标准：除了科学依据外，生态环境部门还需参考国家或地方制定的环境质量标准、污染物排放标准等。这些标准明确了哪些物质被视为有害，以及它们的允许浓度或排放量。
风险评估：在认定过程中，生态环境部门还会进行风险评估，考虑物质在环境中的迁移、转化和积累情况，以及它们对生态系统、人体健康等可能产生的影响。
三、认定程序
监测与采样：生态环境部门会定期或不定期地对环境中的物质进行监测和采样，以获取准确的数据。
数据分析与评估：对采集到的数据进行科学分析，评估物质对环境的潜在危害。
专家论证：在必要时，生态环境部门会组织专家进行论证，以确保认定的科学性和准确性。
公告与发布：经过上述程序后，生态环境部门会正式公告认定结果，并发布相关信息，以便公众了解和监督。
四、法律后果与救济途径
法律后果：一旦某种物质被生态环境部门认定为有害物质，相关单位或个人可能需要采取措施减少排放、治理污染或承担法律责任。
救济途径：如果对生态环境部门的认定结果有异议，相关单位或个人可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。在复议或诉讼过程中，需要提供充分的证据来支持自己的观点。
五、实际案例
在实际操作中，生态环境部门已经多次认定并公布了多种有害物质，如重金属、持久性有机污染物等。这些认定结果对于指导环境保护工作、推动污染治理和保障公众健康具有重要意义。
总结与建议：
生态环境部门在认定其他有害物质方面具有明确的法定职责和科学的认定程序。如果对生态环境部门的认定结果有疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。