针对您提出的问题，即“您父亲作为贷款人，但款项被担保人使用且未偿还”的情况，我们需要从多个角度来分析和处理。
首先，要明确的是，您父亲作为贷款人，在法律上是有义务偿还贷款的，无论款项最终由谁使用。然而，如果担保人确实使用了这笔款项并且未偿还，这增加了问题的复杂性。接下来，我们将根据担保类型的不同来详细分析处理方式：
一、担保类型的界定
如果担保是一般保证：
- 在这种情况下，保证人（即您提到的“被担保人”）仅在债务人（您父亲）不能履行债务时才承担责任。但关键在于，您父亲作为贷款人，法律上首先有还款责任。
- 处理建议：
- 您父亲应与贷款机构保持沟通，说明实际情况，即款项被担保人使用。
- 同时，尝试与担保人协商，要求其尽快还款或至少承担部分还款责任。
- 如果担保人拒绝还款，您父亲可能需要先自行偿还贷款，之后再通过法律途径向担保人追偿。
如果担保是连带责任保证：
- 在连带责任保证中，保证人与债务人对债务承担连带责任。这意味着贷款机构可以直接要求您父亲或担保人中的任何一方还款。
- 处理建议：
- 您父亲应立即与贷款机构联系，说明款项被担保人使用的情况，并尝试协商还款计划。
- 同时，强烈要求担保人履行其还款责任，并保留所有与担保人的沟通记录作为证据。
- 如果担保人拒绝合作，您父亲可能需要考虑通过法律途径解决，包括起诉担保人要求其承担还款责任。
二、通用处理步骤
无论担保类型如何，以下步骤都是通用的：
查阅合同：
- 仔细审查贷款合同和担保合同，明确各方的权利和义务，特别是关于还款责任和担保类型的条款。
与担保人沟通：
- 与担保人进行友好而坚定的沟通，了解其不还款的原因，并尝试达成还款协议。
联系贷款机构：
- 主动与贷款机构联系，说明情况，并询问其处理此类问题的政策和程序。
法律咨询：
- 考虑咨询专业律师，以获取具体的法律建议和帮助。律师可以评估您父亲的法律责任，并提供解决方案。
准备法律行动：
- 如果协商无果，且贷款机构要求您父亲承担还款责任，您父亲应做好通过法律途径维护自己权益的准备，包括起诉担保人或申请仲裁等。
三、总结与提醒
作为贷款人，您父亲在法律上承担还款责任。然而，如果款项确实被担保人使用且未偿还，您父亲应积极与贷款机构和担保人沟通，尝试通过协商解决问题。如果协商无果，应考虑寻求法律帮助以维护自己的权益。在整个过程中，保留所有相关证据和沟通记录至关重要。希望这些建议能对您有所帮助。