农村土地纠纷案件适用的法律主要包括《中华人民共和国民法典》和《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规。以下从不同角度对农村土地纠纷案件的法律适用进行详细分析：
一、合同效力纠纷的法律适用
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一百五十三条规定，违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。
- 《中华人民共和国农村土地承包法》第十九条规定了土地承包应当遵循的原则，包括民主协商、公平合理，以及承包方案应当依法经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意等。
常见问题：
- 合同因违反法律法规强制性规定而无效，如未经民主议定程序发包、承包方不具备相应资质等。
- 因欺诈、胁迫等手段订立合同的效力认定。
处理思路：
- 审查合同签订过程是否合法合规，是否存在导致合同无效的法定情形。
- 若合同无效，根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条的规定，处理合同无效后的财产返还、损失赔偿等问题。
二、合同履行纠纷的法律适用
法律依据：
- 《中华人民共和国农村土地承包法》第十四条规定了发包方的权利和义务，如监督承包方依照承包合同约定的用途合理利用和保护土地等。
- 同一法第二十一条规定了承包方的权利和义务，如按约定支付承包费、不得擅自改变土地用途等。
常见问题：
- 发包方未按约定提供土地、干涉承包方正常生产经营自主权。
- 承包方未按约定支付承包费、擅自改变土地用途等。
处理思路：
- 明确双方的权利义务，判断哪一方存在违约行为。
- 根据合同约定和相关法律规定，确定违约责任的承担方式，如继续履行、采取补救措施、赔偿损失等。
三、合同变更与解除纠纷的法律适用
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第五百三十三条规定了情势变更原则，即在合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。
- 《中华人民共和国农村土地承包法》第三十六条规定了承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案。若因土地流转等原因需要变更或解除合同，应按照法定程序进行。
常见问题：
- 因不可抗力、政策调整等原因导致合同无法履行而请求变更或解除合同。
- 一方当事人以对方违约为由请求解除合同。
处理思路：
- 审查是否符合合同变更或解除的法定条件。
- 若符合情势变更原则，应引导双方当事人协商解决；若一方违约导致合同目的无法实现，另一方有权解除合同并要求违约方承担赔偿责任。
四、土地征收补偿费用分配纠纷的法律适用
法律依据：
- 《中华人民共和国土地管理法实施条例》第二十六条规定，土地补偿费归农村集体经济组织所有；地上附着物及青苗补偿费归地上附着物及青苗的所有者所有。征用土地的安置补助费必须专款专用，不得挪作他用。
常见问题：
- 在土地被征收后，关于青苗补偿费、地上附着物补偿费、安置补助费等费用的分配产生争议。
处理思路：
- 根据法律规定和实际情况，确定各项补偿费用的归属。
- 对于存在争议的部分，应结合承包合同的约定、实际投入情况等因素进行综合判断。
五、法律适用中的难点问题及解决方法
法律与政策的关系问题：
- 在处理纠纷时，应遵循法律优先原则，即当政策与法律冲突时，优先适用法律。同时，要关注政策的动态变化，对于符合法律精神和原则的政策，可以在裁判说理中予以参考。
证据收集与认定问题：
- 法院应加强诉讼指导，告知当事人举证责任和要求，引导当事人积极收集证据。对于确实难以收集的证据，可根据当事人的申请依职权调查收集。在证据认定方面，应综合考虑证据的关联性、合法性、真实性。
情势变更原则的适用问题：
- 法官在审理案件时，应充分考虑合同签订时的背景、市场环境、政策变化等因素，结合具体案情进行综合判断。同时，可参考类似案例的处理结果，确保裁判尺度的统一。
总结与建议：
农村土地纠纷案件的法律适用是一个复杂而重要的问题。在处理此类纠纷时，应准确适用相关法律法规，充分考虑法律与政策的关系、证据的收集和认定以及情势变更原则的适用等难点问题。同时，建议加强立法完善、提高司法水平、强化法治宣传和完善多元化解纷机制等措施，以有效解决农村土地纠纷，保护农民的合法权益，促进农村经济的健康发展和社会稳定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。