使用套牌摩托车且持有驾驶证的，一般会被处以2000元以上5000元以下罚款，同时可能面临其他处罚措施。具体分析如下：

1. 法律依据与罚款标准
   根据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十六条第三款规定，使用其他车辆的机动车号牌（即套牌）的，由公安机关交通管理部门收缴号牌、扣留机动车，并处2000元以上5000元以下罚款。这一规定明确指向套牌行为的处罚，与驾驶人是否持有驾驶证无关。

2. 驾驶证与处罚的关联性
   持有合法驾驶证仅表明驾驶人具备驾驶资格，但套牌行为本身已构成独立违法。即使驾驶证状态正常（如未扣满12分、未吊销等），仍需承担套牌行为的罚款责任。若驾驶证与套牌车辆类型不符（如持C证驾驶摩托车），还可能因“准驾不符”被额外处罚（如扣9分、罚款200-2000元），但此与套牌罚款是独立处罚项。

3. 其他可能的处罚措施
   除罚款外，公安机关交通管理部门会收缴套用的号牌、扣留机动车，并要求驾驶人提供合法来源证明。若无法提供，车辆可能被依法拍卖或报废。若套牌行为涉及伪造、变造号牌，还可能面临15日以下拘留（《道路交通安全法》第九十六条第一款）。

4. 特殊情形说明
   若套牌车辆存在其他违法行为（如肇事逃逸、盗抢车辆等），驾驶人可能面临更严重的刑事责任（如交通肇事罪、掩饰隐瞒犯罪所得罪等）。此时罚款仅是行政处罚的一部分，需结合具体案情分析。

建议：若您或他人涉及此类情况，建议尽快配合交警调查，主动说明车辆来源，争取从轻处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体法律程序。