结论：患有精神疾病的职工旷工三年，单位能否解除劳动合同需分情况讨论。在医疗期内，除特殊情形外，单位不得解除劳动合同；医疗期满后，若职工不能从事原工作也不能从事另行安排的工作，单位可以依法解除劳动合同，但需支付经济补偿金。

详细分析：

医疗期内

1. 保护原则：

   • 根据《劳动合同法》第四十二条，员工因患精神病在规定的医疗期内，单位不得依据第四十条（无过失性辞退）或第四十一条（经济性裁员）的规定解除劳动合同。这是为了保障患病员工的基本权益，给予其充分的治疗和恢复时间。
   • 医疗期的具体时长根据员工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，例如，实际工作年限十年以下，本单位工作年限五年以下为三个月，五年以上为六个月等。

2. 特殊情况例外：

   • 若员工在医疗期内严重违反单位规章制度，如严重旷工（尽管已旷工三年，但需判断这三年是否全部处于医疗期内，以及旷工行为是否达到严重违反规章制度的程度）、造成重大损失等，符合《劳动合同法》第三十九条规定的情形，单位可以解除劳动合同，不受医疗期限制。不过，在实际情况中，若职工已长期旷工且未接受治疗，单位需有充分证据证明其严重违反规章制度。

医疗期满后

1. 工作能力评估：

   • 医疗期满后，若职工能够从事原工作，单位应继续履行劳动合同，安排其回原岗位工作。
   • 若职工不能从事原工作，但经单位另行安排后能胜任新工作，单位亦应继续履行劳动关系并支付相应劳动报酬。

2. 解除条件与补偿：

   • 若职工既不能从事原工作，也不能从事单位另行安排的工作，单位在提前三十日以书面形式通知职工本人或额外支付一个月工资后，可以解除劳动合同。
   • 解除劳动合同时，单位需按照国家规定给予职工经济补偿，具体标准按职工在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资，六个月以上不满一年的按一年计算，不满六个月的支付半个月工资的经济补偿。

特殊情况处理建议：

• 如果职工的精神疾病对工作存在严重安全隐患或对其他员工造成威胁等特殊情况，单位在采取合理措施（如调整工作岗位、提供必要的医疗协助等）后，若问题仍未解决，可依法依规进行相应处理，包括但不限于解除劳动合同。但在此过程中，单位应确保遵守相关法律法规，避免违法解除劳动合同的法律风险。

总结与建议：

在处理患有精神疾病的职工旷工三年能否解除劳动合同的问题时，单位应严格遵守相关法律法规，确保职工的合法权益不受侵犯。同时，单位也应根据实际情况灵活应对，既要考虑职工的健康状况和工作能力，也要维护单位的正常运营秩序。如果单位决定解除劳动合同，应确保程序合法、补偿到位，并咨询专业律师以避免法律纠纷。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。