结论：个独企业名称中不能含有“公司”字样。
详细分析：
法律依据：
- 根据《中华人民共和国个人独资企业法》第二条，个人独资企业是由一个自然人投资，财产为投资人个人所有，投资人以其个人财产对企业债务承担无限责任的经营实体。这一条款明确了个人独资企业的性质和责任形式，即其不具备法人资格，且投资人需承担无限责任。
- 《企业名称登记管理规定》第十一条也明确指出，企业名称中不得含有“有限责任公司”、“有限公司”或“股份有限公司”、“股份公司”等字样。这一规定直接禁止了个人独资企业在其名称中使用与公司相关的特定字样。
本质差异：
- 个人独资企业与公司是两种截然不同的企业组织形式。公司是独立的法人组织，拥有独立的法人财产和法人财产权，股东以其出资额或认购的股份为限对公司债务承担责任。而个人独资企业则不具备法人资格，其财产与投资人的个人财产混同，投资人需以其个人财产对企业债务承担无限责任。
- 由于这种本质上的差异，个人独资企业在命名时应遵循相关规定，使用如“厂”、“店”、“部”、“中心”、“工作室”等合适的名称，以准确反映其法律地位和责任形式。
命名原则与建议：
- 合法性原则：个人独资企业在命名时必须遵守国家法律法规，确保名称的合法性。任何违反法律法规的名称都将被驳回或要求整改。
- 准确性原则：企业名称应准确反映企业的业务性质、经营特点或服务范围，避免使用模糊、歧义或误导性的字词。例如，若企业为餐饮服务行业，则名称中可体现“餐厅”、“饭馆”等字样。
- 独特性原则：在遵循法律法规的前提下，个人独资企业应努力打造具有独特性和辨识度的企业名称，以区别于其他同类企业，提升品牌形象和市场竞争力。
法律后果：
如果个人独资企业在其名称中使用了“公司”等字样，可能会面临工商行政管理部门的处罚，包括但不限于责令改正、罚款等。同时，这种命名方式也可能误导公众，造成对企业性质和责任的误解，从而给企业带来不必要的法律风险和声誉损失。
建议：
因此，建议个人独资企业在命名时严格遵守相关法律法规，选择符合规定的名称。如有任何疑问或需要进一步的法律指导，请直接向我咨询。