甲乙双方自己定的协议，在满足一定条件下是有效的。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
行为人具有相应的民事行为能力：
- 协议双方必须都是具备完全民事行为能力的人。这通常意味着双方都是成年人（18周岁以上且精神正常），能够理解协议内容并预见其行为的法律后果。如果一方是无民事行为能力人（如不满八周岁的未成年人或不能辨认自己行为的成年人），则其签订的协议无效。限制民事行为能力人（如八周岁以上的未成年人）签订的纯获利益的协议或与其年龄、智力相适应的协议有效，其他协议需经法定代理人同意或追认后才有效。
意思表示真实：
- 双方签订协议时必须基于真实的意愿，不存在欺诈、胁迫、重大误解等情形。如果一方通过威胁、欺诈等手段迫使另一方签订协议，或者一方因对协议内容存在重大误解而签订，该协议可能被撤销或视为无效。
内容合法且不违背公序良俗：
- 协议内容必须符合法律法规的规定，不能违反法律、行政法规的强制性规定。例如，协议内容不得涉及走私、贩毒等违法活动。同时，协议内容也不能违背社会公德和善良风俗，否则协议将被认定无效。
不存在显失公平的情形：
- 协议在签订时不应存在显失公平的情况。如果一方利用对方处于危困状态或缺乏判断能力等致使协议成立时显失公平，受损害方有权请求撤销协议。
特殊事项的审批与登记：
- 对于涉及特定事项（如房产过户、股权转让等）的协议，除了满足上述条件外，还可能需要按照相关规定办理批准、登记手续才能确保其效力。例如，涉及房屋等不动产转让的协议，一般需要办理过户登记手续才发生物权变动的效力。
公证的作用：
- 公证并不是协议生效的必要条件，而是对协议真实性、合法性的一种证明活动。经过公证的协议在证据效力上可能更强，如果日后发生纠纷诉至法院，经过公证的协议在证明力上通常会高于未经公证的协议。但这并不意味着未经公证的协议就无效或没有法律效力。
建议：
- 在签订协议前，双方应确保自身具备完全民事行为能力，意愿真实无欺诈，协议内容合法且不违背公序良俗。
- 对于涉及特殊事项的协议，应及时办理相关审批、登记手续以确保其效力。
- 如果对协议内容或法律效力存在任何疑虑或问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律意见。
综上所述，甲乙双方自己定的协议在满足一定条件下是有效的。为了确保协议的合法性和有效性，双方在签订协议时应谨慎审查协议内容，并遵循相关法律法规的规定。