结论前置：在专利排他许可下，被许可人在特定条件下通常可以单独起诉侵权者以维护自身权益，但这一权利可能受到合同条款、专利权人行为及法律程序的影响。以下是对这一问题的详细分析：
一、专利排他许可的基本概念
专利排他许可是指专利权人在特定范围内赋予被许可人独占使用专利技术的权利。在此许可下，除专利权人（许可方）外，被许可人是该专利技术在特定区域内唯一有权使用的主体。这种许可方式使得被许可人与专利的权益紧密相关，因此被许可人在专利受到侵害时，往往有强烈的动机去维护自身权益。
二、可以单独起诉的情形
许可合同有明确约定：
- 如果专利排他许可合同中明确规定了被许可人在发生专利侵权行为时有权单独提起诉讼，那么被许可人可以依据合同约定，以自己的名义向法院提起专利侵权诉讼。这是最直接且有力的依据，因为合同是双方意思表示一致的产物，具有法律约束力。
专利权人怠于行使权利：
- 在实践中，如果专利权人明知专利侵权行为发生却怠于行使其权利，导致被许可人的利益受损（如市场份额减少、商业利益受损等），被许可人在符合法定条件的情况下，可以单独提起诉讼以维护自身权益。这通常涉及到对专利权人行为是否构成“怠于行使权利”的判断，以及被许可人利益受损程度的评估。
法律特别规定：
- 根据相关法律法规，如《最高人民法院关于审理侵犯专利权纠纷案件应用法律若干问题的解释（二）》的规定，当专利权人的权利要求被宣告无效后，如果被许可人有证据证明该决定已被生效的行政判决撤销，且知识产权局已恢复权利要求的有效性，被许可人可以单独提起诉讼以恢复专利侵权诉讼程序。这是法律对被许可人权益的特别保护。
三、不可以单独起诉的情形
合同未约定或限制：
- 如果许可合同中没有明确约定被许可人可以单独起诉，或者合同中对被许可人的起诉权利进行了限制，那么被许可人通常需要与专利权人共同起诉。这是因为合同是双方行为的基础，未约定或限制起诉权利即意味着被许可人没有单独起诉的合同依据。
复杂案件或多方利益协调：
- 在涉及多方利益的复杂案件中，起诉的程序和责任可能需要进一步明确和协调。此时，被许可人可能需要与专利权人以及其他相关方共同协商确定起诉策略，以确保各方利益的平衡和诉讼的顺利进行。
法律程序要求：
- 在某些情况下，法律程序可能要求许可人与被许可人作为共同原告提起诉讼。如果许可人不起诉，被许可人可能需要等待法律程序的进一步指示或根据具体情况判断是否可以单独起诉。这通常涉及到对法律程序的理解和适用。
四、实际操作中的建议
在实际操作中，被许可人在考虑是否单独起诉时，应综合考虑以下因素：
- 合同条款的具体内容及其法律效力：仔细审查许可合同中的相关条款，确保对起诉权利有明确且合法的约定。
- 专利权人的行为及其对被许可人利益的影响：评估专利权人是否怠于行使权利以及这种行为对被许可人利益的具体影响。
- 相关法律法规的适用情况：了解并适用相关法律法规，特别是关于专利侵权诉讼和排他许可的特别规定。
- 案件的复杂性及涉及的多方利益：考虑案件的复杂性以及可能涉及的多方利益，以确定是否需要与专利权人或其他相关方共同起诉。
- 专业法律意见：在必要时，寻求专业律师的法律意见，以确保起诉的合法性和有效性。
综上所述，专利排他许可的被许可人在一定条件下可以单独起诉侵权者以维护自身权益。然而，在具体操作中需要综合考虑各种因素和法律规定。如有具体法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。