在合伙企业解散清算时，对于持有的公司股权（特别是涉及代持股份的情况），处理过程需要细致且合法合规。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、清算启动与清算人确定
首先，合伙企业解散后，清算工作需立即启动。清算人可以由全体合伙人共同担任，或者经过全体合伙人过半数同意，在解散事由出现后的十五日内指定一个或多个合伙人，甚至委托第三人来担任清算人。如果十五日内未能确定清算人，合伙人或其他利害关系人可以向人民法院申请指定。清算人一旦确定，便开始负责执行清算事务。
二、通知与公告债权人
清算人需在被确定之日起的十日内，将合伙企业解散的事项通知所有债权人，并在六十日内在报纸上进行公告。债权人应在接到通知书之日起的三十日内，或者未接到通知书的自公告之日起的四十五日内，向清算人申报债权，并提供相关的证明材料。清算人则需要对这些债权进行登记，以确保债权人的合法权益得到保障。
三、财产清理与债务处理
财产清理：清算人需要编制资产负债表和财产清单，对合伙企业的财产进行全面的清理。对于持有的公司股权，特别是代持股份，需要特别核实代持关系，明确实际出资人及其份额，以确保财产清理的准确性。
债务处理：清算人需要处理合伙企业未了结的事务，清缴所欠的税款，并按照法定的顺序清偿债务。在处理债务时，必须区分合伙企业债务与合伙人个人债务，以确保债务清偿的合法性和公正性。
四、代持股份的特殊处理
确认代持关系：清算人需要与实际出资人和代持人进行沟通，确认代持关系的真实性和具体内容，包括代持协议、实际出资情况等。这是处理代持股份的基础。
协商股份处置：根据代持协议的约定和实际情况，清算人与相关方协商股份的处置方式。这可能包括将股份转让给其他合伙人、外部第三方，或者按照清算程序进行处理。
办理股份变更手续：如果涉及股份转让，清算人需要依法办理股份变更登记手续，以确保股份转移的合法性和有效性。
五、财产分配与注销登记
财产分配：在支付了清算费用、职工工资、社会保险费用、法定补偿金，以及缴纳了所欠税款和清偿了债务之后，剩余的财产将按照合伙协议的约定进行分配。如果合伙协议没有约定或者约定不明确，那么将由合伙人协商决定；协商不成的，将按照实缴出资比例进行分配；如果无法确定出资比例，那么将平均分配。
注销登记：清算结束后，清算人需要编制清算报告，并经全体合伙人签名、盖章后，向企业登记机关报送，并申请办理合伙企业的注销登记。至此，合伙企业的法律主体资格将消灭。
六、注意事项与法律纠纷处理
在整个清算过程中，必须严格遵守相关的法律法规，以保障各合伙人、实际出资人以及债权人的合法权益。如果出现争议或者纠纷，可以通过协商、调解、仲裁或者诉讼等方式进行解决。特别是对于代持股份的处理，由于其特殊性，更需要谨慎操作。如果必要，可以寻求专业律师的法律援助。
综上所述，合伙企业解散清算时持有的公司股权（特别是代持股份）的处理是一个复杂而细致的过程。它需要遵循严格的法律程序，并确保所有相关方的权益得到妥善处理。因此，在实际操作中，建议寻求专业律师或会计师的帮助，以确保清算过程的顺利进行。