公司股权冻结三年后，通常需根据冻结原因及法律程序来决定后续处理方式，具体分为以下几种情况：

1. 若冻结期限届满且未续冻
   根据《最高人民法院关于人民法院民事执行中查封、扣押、冻结财产的规定》第二十九条，冻结期限届满后，若未办理续冻手续，冻结效力自动解除。此时，股东可依法行使股权处置权（如转让、质押等），但需注意：

   • 若冻结期间公司发生重大变更（如增资、减资、合并分立），需确认变更是否影响股权状态；
     
   • 若冻结涉及刑事案件，需待刑事程序终结后确认股权是否仍受限。

2. 若冻结因诉讼/仲裁未终结而续冻
   若原案件（如债务纠纷、股权争议）仍在审理或执行阶段，法院可根据申请续冻股权，每次续冻期限不超过三年。此时：

   • 股东需配合法院执行程序，不得擅自处置股权；
     
   • 若对冻结有异议，可依据《民事诉讼法》第二百三十二条提出书面异议，申请复议或提起执行异议之诉。

3. 若冻结因债务清偿或和解而解除
   若股东或公司已履行生效法律文书确定的义务（如偿还债务、达成和解），可向法院申请解除冻结。需提交以下材料：

   • 解除冻结申请书；
     
   • 证明义务履行的证据（如还款凭证、和解协议）；
     
   • 法院裁定解除后，需到工商登记部门办理股权状态变更登记。

4. 若冻结涉及刑事犯罪且未结案
   若股权冻结与刑事案件（如职务侵占、洗钱）相关，需待刑事判决生效后处理：

   • 若股权被认定为赃款赃物，可能被依法追缴或没收；
     
   • 若股权与犯罪无关，可申请解除冻结并恢复股东权利。

行动建议：

• 第一步：核实冻结法律文书（如裁定书、协助执行通知书）中载明的冻结原因、期限及续冻情况；
  
• 第二步：联系冻结机关（法院、检察院或公安机关）了解案件进展及后续程序；
  
• 第三步：根据冻结原因准备相应材料（如履行义务证明、异议申请书），依法主张权利。
  

风险提示：
股权冻结期间，股东不得擅自转让、质押或以其他方式处分股权，否则可能面临罚款、拘留甚至刑事责任。若涉及公司重大决策（如增资、解散），需提前与冻结机关沟通，避免程序违法。

如有具体案件细节或法律文书，可进一步向我提供，我会结合实际情况为您分析处理路径。