闯红灯发生事故且被认定负全责时，保险公司的赔偿需分情况讨论，核心结论如下：

1. 交强险的赔偿规则
   根据《机动车交通事故责任强制保险条例》第二十三条，交强险实行分项赔偿限额，无论责任比例如何，保险公司均需在限额内赔偿第三方人身伤亡和财产损失：

   • 死亡伤残赔偿限额：18万元（含丧葬费、残疾赔偿金、护理费等）；
     
   • 医疗费用赔偿限额：1.8万元（含医药费、住院费等）；
     
   • 财产损失赔偿限额：2000元。
     例外情形：若事故存在“受害人故意制造交通事故”（如碰瓷）或驾驶人未取得驾驶资格、醉酒驾驶等法定免责事由，保险公司仅垫付抢救费用并有权追偿，财产损失不赔。

2. 商业险的赔偿规则
   商业险（如第三者责任险、车损险）的赔偿需以保险合同约定为准，核心逻辑如下：

   • 第三者责任险：若投保且事故属于保险责任范围（如碰撞、倾覆等），保险公司按合同约定赔偿第三方损失，但需扣除交强险已赔付部分。注意：若驾驶人存在闯红灯等违法行为，保险公司可能主张“违法驾驶属于免责条款”而拒赔，但需满足以下条件：
     
     • 保险公司已对免责条款履行明确说明义务（如投保人签字确认）；
       
     • 免责条款内容合法有效（如未违反法律强制性规定）。
       
   • 车损险：赔偿己方车辆损失，但若事故由闯红灯直接导致，保险公司可能以“违法驾驶”为由拒赔，同样需审查免责条款的效力。

3. 赔偿流程与注意事项

   • 报案与定损：事故发生后立即报警并通知保险公司，由保险公司定损员核定损失金额；
     
   • 材料提交：需提供事故认定书、医疗票据、维修清单等证明材料；
     
   • 诉讼风险：若保险公司拒赔，可通过诉讼主张权利，法院将审查免责条款是否生效。司法实践倾向：若保险公司未充分履行说明义务，免责条款可能被认定无效，保险公司仍需赔偿。

建议：若遇保险公司拒赔，可要求其出具书面拒赔通知并说明理由，同时保留事故认定书、保险合同等证据，必要时委托律师介入处理。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件细节。