医院不允许患者或其家属拍封存病历申请单的行为，通常是不合法的。以下从几个方面进行详细分析：
一、法律依据
根据《医疗纠纷预防和处理条例》第十六条的规定：“患者死亡，医患双方对死因有异议的，应当在患者死亡后48小时内进行尸检；具备尸体冻存条件的，可以延长至7日。尸检应当经死者近亲属同意并签字，拒绝签字的，视为死者近亲属不同意进行尸检。不同意或者拖延尸检，超过规定时间，影响对死因判定的，由不同意或者拖延的一方承担责任。发生医疗纠纷，医疗机构应当告知患者或者其近亲属下列事项：（一）解决医疗纠纷的合法途径；（二）有关病历资料、现场实物封存和启封的规定；（三）有关病历资料查阅、复制的规定。患者死亡的，还应当告知其近亲属有关尸检的规定。”
以及《医疗事故处理条例》第十六条也明确规定：“发生医疗事故争议时，死亡病例讨论记录、疑难病例讨论记录、上级医师查房记录、会诊意见、病程记录应当在医患双方在场的情况下封存和启封。封存的病历资料可以是复印件，由医疗机构保管。”同时，患者或其家属有权查阅、复制包括客观性病历资料在内的病历资料，这自然也包括了对封存病历申请单的相关信息的了解。
二、实际操作与权利保障
封存病历的程序：在发生医疗纠纷时，医患双方应当共同对病历资料进行封存。封存时，应确保病历资料的完整性和真实性，并由双方签字确认。这一过程中，患者或其家属有权了解并参与封存的每一个环节，包括填写封存病历申请单。
拍照留存的合理性：患者或其家属拍照留存封存病历申请单，是为了保留证据，确保自己的权益不受侵害。这种行为并不违反法律法规，也不损害医疗机构的合法权益。因此，医疗机构没有理由阻止患者或其家属进行拍照。
医疗机构的义务：医疗机构有义务配合患者或其家属进行病历资料的封存和查阅工作。这包括提供必要的协助和便利，如提供复印、拍照等条件。如果医疗机构拒绝患者或其家属的合理请求，可能构成违法行为，并需要承担相应的法律责任。
三、可能的法律后果
如果医疗机构不允许患者或其家属拍封存病历申请单，患者或其家属可以采取以下措施来维护自己的权益：
与医疗机构协商：首先尝试与医疗机构进行沟通协商，要求其允许拍照留存封存病历申请单。
向卫生行政部门投诉：如果协商无果，可以向当地的卫生行政部门投诉，请求其介入调查并处理。
寻求法律援助：在必要时，可以寻求法律援助或聘请律师提起诉讼，通过法律途径来维护自己的权益。
建议：在处理医疗纠纷时，患者或其家属应保持冷静和理性，依法维护自己的权益。同时，医疗机构也应积极配合患者或其家属的工作，共同营造一个和谐、公正的医疗环境。如果您在医疗纠纷方面遇到任何问题，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供专业的法律建议。