结论：摩托车借给别人被闯红灯，扣分原则上应当扣在实际驾驶人的驾驶证上，遵循“谁开车谁负责”的原则。但在无法确定实际驾驶人或存在其他特殊情况时，车主可能需要承担一定的责任。
详细分析：
能确定实际驾驶人的情况：
- 现场查处：如果摩托车闯红灯时被交警现场拦下并开具处罚决定书，交警会直接记录实际驾驶人的驾驶证信息。此时，闯红灯的扣分将明确记在实际驾驶人的驾驶证上。
- 主动处理违章：当交通技术监控设备（如电子眼）记录到摩托车闯红灯违法行为后，如果实际驾驶人主动前往交警队处理违章，并提供自己的驾驶证，那么扣分同样会记在实际驾驶人的驾驶证上。
- 法律依据：根据《中华人民共和国道路交通安全法》及相关规定，交通违法行为是由实际驾驶车辆的人实施的，因此应由实际驾驶人承担法律责任。闯红灯作为一种交通违法行为，原则上应由实施该行为的驾驶人承担相应的扣分处罚。
无法确定实际驾驶人的情况：
- 车主责任：如果摩托车闯红灯被电子眼抓拍，但车主无法明确指出当时具体是谁驾驶车辆，部分地方的交警部门可能会默认将违章扣分记在车主的驾驶证上。这是因为车主对自己的车辆负有管理责任，需要确保车辆合法使用，避免被他人用于违法活动。不过，车主在承担责任后，如果后续找到了实际驾驶人，有权向其追偿。
- 特殊情形：若车辆被他人未经允许擅自驾驶且闯红灯，事后无法找到实际驾驶人，公安机关交通管理部门可能会对车辆所有人进行扣分。待找到实际驾驶人后，再根据实际情况进行处理。车主可通过提供相关证据等方式申请撤销自己的扣分。
其他特殊情况：
- 车主默认或指使：如果车主明知驾驶人可能会实施闯红灯等违法行为，仍默许或指使驾驶人这样做，那么车主也可能需要承担相应的责任，包括被扣分。例如，车主为了赶时间催促驾驶人闯红灯，这种情况下车主也可能会受到处罚。
- 驾驶人未能提供有效证件或逃离现场：若闯红灯行为被交警当场查处，但驾驶人未能提供有效证件或逃离现场，交警可能会将违章记录归于车辆所有人。此时，车辆所有人需承担相应的责任。
建议与提醒：
- 及时处理违章：为了避免不必要的麻烦和损失，实际驾驶人应及时处理自己造成的违章行为，缴纳罚款并接受相应的记分处罚。
- 车主谨慎借车：车主在将摩托车借给他人时，应谨慎选择借用人，并确保其具备合法的驾驶资格和遵守交通规则的意识。同时，也应提醒借用人注意行车安全，遵守交通规则。如果可能的话，可以签订借车协议，明确双方的责任和义务。
综上所述，摩托车借给别人被闯红灯时，扣分原则上是扣在实际驾驶人的驾驶证上的。但在无法确定实际驾驶人或存在其他特殊情况时，车主可能需要承担一定的责任。因此，无论是驾驶人还是车主，都应严格遵守交通规则，确保行车安全。如果您在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。