将别人种在你基本农田的果树，这一行为本身是否违法，需结合具体情况分析，但原则上，在基本农田上栽种果树是违法的，因此未经允许处理这些果树也可能涉及法律问题。以下从几个方面为你详细解释：
一、基本农田的保护规定
根据《中华人民共和国土地管理法》和《基本农田保护条例》的相关规定，基本农田是用于种植粮食作物的重要耕地，其用途受到严格保护。这些法规明确禁止在基本农田保护区内进行破坏基本农田的活动，包括发展林果业。因此，在基本农田上栽种果树，无论是谁栽种的，都违反了国家对基本农田的保护规定。
二、处理别人栽种的果树可能涉及的法律问题
如果果树是未经你允许栽种的：
- 你有权要求对方停止侵害、恢复原状，即移除果树并恢复基本农田的耕作条件。
- 如果对方拒绝，你可以通过法律途径维护自己的权益，如向当地土地管理部门投诉或提起民事诉讼。
如果你擅自处理（如砍伐）别人栽种的果树：
- 如果果树本身属于违法栽种，你的处理行为可能在一定程度上得到法律的理解，但仍需谨慎行事，避免引发不必要的纠纷。
- 如果果树栽种行为虽违法，但果树本身已具有一定的经济价值，你擅自处理可能构成对他人财产权的侵害，需要承担相应的民事责任。
- 在极端情况下，如果处理行为涉及破坏他人财物且情节严重，还可能触犯《中华人民共和国刑法》中关于故意毁坏财物罪的规定。
三、建议与指导
- 遵守法律法规：无论果树是谁栽种的，都应严格遵守国家关于基本农田保护的法律法规，不在基本农田上进行违法活动。
- 合理沟通协商：如果发现别人在你的基本农田上栽种了果树，建议先与对方进行沟通协商，寻求和平解决的方式。
- 寻求法律帮助：如果沟通无果或对方拒绝配合，你可以及时咨询专业律师（即我，饶振宇律师，专注于离婚财产纠纷、房产纠纷、公司事务领域），了解具体的法律途径和维权策略。
总结来说，将别人种在你基本农田的果树，这一行为需谨慎对待。原则上，基本农田上栽种果树是违法的，但处理这些果树时也需遵守法律法规，避免引发新的法律问题。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。