关于事业单位职工休年假是否会扣绩效工资的问题，我可以明确地告诉您：职工在休年假期间，用人单位是不能扣绩效工资的。以下是我为您详细解析的相关法律依据和实际操作中的注意事项：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 第五十一条规定：“劳动者在法定休假日和婚丧假期间以及依法参加社会活动期间，用人单位应当依法支付工资。”年休假作为法定休假日之一，劳动者在此期间应享受正常工资待遇。
《职工带薪年休假条例》：
- 第二条规定：“机关、团体、企业、事业单位、民办非企业单位、有雇工的个体工商户等单位的职工连续工作1年以上的，享受带薪年休假。单位应当保证职工享受年休假。职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。”
《企业职工带薪年休假实施办法》：
- 第十一条明确：“职工在年休假期间享受与正常工作期间相同的工资收入。实行计件工资、提成工资或者其他绩效工资制的职工，日工资收入的计发办法也按照相关规定执行，确保职工在年休假期间不因未出勤而影响绩效工资。”
二、绩效工资的性质与发放原则
绩效工资是以职工的工作岗位、技术含量、责任大小、劳动强度和环境优劣等因素为基础，结合企业经济效益和劳动力价位确定的工资制度。其发放应与职工的绩效考核结果挂钩，而非出勤情况。职工在年休假期间虽然未提供劳动，但按照法律规定，应享受与正常工作期间相同的工资收入，这自然包括绩效工资。
三、实际操作中的注意事项
用人单位的义务：
- 用人单位应依法保障职工享受年休假的权利，不得因职工休年假而扣减其绩效工资。
- 在制定薪酬制度和绩效考核方案时，应明确绩效工资的发放条件和标准，避免产生争议。
职工的权益保护：
- 职工有权要求用人单位按照法律规定支付年休假期间的工资，包括绩效工资。
- 如遇用人单位违法扣减绩效工资的情况，职工可以通过与单位沟通协商、向当地人事争议仲裁机构申请仲裁或提起诉讼等途径来维护自身合法权益。
综上所述，事业单位职工在休年假期间，用人单位是不能扣绩效工资的。这是法律明确规定的，也是保障职工合法权益的重要体现。如果您在休年假期间遇到了绩效工资被扣减的情况，建议您先与单位进行沟通协商，如果协商不成，可以向当地的人事争议仲裁机构申请仲裁来维护自己的合法权益。