结论：农村房产证上写的是户主的名字，户主签字但配偶没有签字，合同是否有效需分情况讨论，不能一概而论。
分析：
若房产属于户主个人财产：
- 法律背景：根据《民法典》的相关规定，如果房产是户主在婚前取得，或者婚后明确约定为个人财产，那么该房产属于户主的个人财产。
- 合同效力：在这种情况下，户主作为房产的唯一所有者，有权单独处分该房产。因此，户主签字的合同是有效的，即使配偶没有签字。
若房产属于夫妻共同财产：
- 法律背景：如果房产是婚后取得，且没有明确约定为个人财产，那么该房产通常视为夫妻共同财产。
- 合同效力：
- 一般情况：对于夫妻共同财产，处分时通常需要夫妻双方共同同意。如果户主未经配偶同意，单独签字处分房产，那么该合同可能因缺乏配偶的同意而无效或可撤销。这主要取决于配偶是否追认该合同，或者是否在知道或应当知道该合同存在后的一定期限内提出异议。
- 特殊情况：如果配偶以书面形式明确表示放弃对该房产的处分权，或者户主能够证明其处分行为是为了家庭共同利益，且配偶未提出异议，那么合同可能仍然有效。但这种情况较为特殊，需要具体证据支持。
其他考虑因素：
- 合同内容：除了签字问题外，合同的内容是否合法、是否违反公序良俗等也会影响合同的效力。
- 交易习惯：在某些地区或特定交易中，可能存在特定的交易习惯或行业规范，这些也可能对合同的效力产生影响。
建议：
- 核实房产性质：首先，需要核实该房产是户主个人财产还是夫妻共同财产。这可以通过查看房产证、购房合同、婚姻状况证明等文件来确定。
- 咨询配偶意见：如果房产属于夫妻共同财产，建议户主在处分房产前咨询配偶的意见，并尽量取得配偶的书面同意。
- 完善合同手续：为了确保合同的效力，建议在签订合同时，尽量让所有相关权利人（包括配偶）都签字确认。如果配偶无法亲自签字，可以考虑通过公证、授权委托等方式来完善合同手续。
- 寻求法律帮助：如果对于合同的效力存在疑问或争议，建议及时寻求专业律师的帮助，以便更好地维护自己的合法权益。
可能后果：
- 如果合同被认定为无效或可撤销，那么户主可能需要承担返还财产、赔偿损失等法律责任。
- 如果合同被认定为有效，但配偶事后提出异议并引发纠纷，那么户主可能需要通过法律途径来解决纠纷，这可能会耗费大量的时间和精力。
因此，在处理农村房产证上户主签字但配偶没有签字的合同问题时，需要谨慎对待，并尽量完善合同手续以避免潜在的法律风险。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。