结论：您描述的情况，即过绿灯时被卡在中间变红灯后被迫停车，再次绿灯时通过，一般情况下不会被扣分。但具体是否扣分还需根据实际情况和当地交通法规来判断。以下是从不同角度的详细分析：
一、一般情况不扣分
合法进入路口：
- 根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条，机动车在绿灯时进入有交通信号灯控制的交叉路口是合法的。若车辆已在绿灯时越过停止线并进入路口，但因前方交通拥堵等合理原因停在路中间，此时红灯亮起，通常不会被认定为违章行为而扣分或罚款。
不影响其他车辆和行人通行：
- 在这种情况下，驾驶员应确保安全，不得影响其他车辆和行人的正常通行。只要驾驶员没有因自身不当操作（如犹豫不决、玩手机等）导致交通拥堵，就不会被处罚。
二、可能扣分的情况
造成交通拥堵：
- 如果驾驶员因自身不当操作（如在路口犹豫不决、玩手机等），导致绿灯时进入路口却长时间停滞在路中间，严重影响其他方向车辆正常通行，造成交通拥堵，那么有可能会被以“不按规定停车影响其他车辆和行人通行”进行处罚，一般会处以罚款，部分地区可能会同时扣2分。
涉嫌闯红灯（虽不常见，但需注意）：
- 闯红灯的判定需要具备三张照片，即车辆驶过停止线、车辆到达路中间、车辆到达对面路口。如果车辆在绿灯时未完全通过停止线，却继续行驶至路中间并在红灯亮起前未能完全通过路口，且被电子眼捕捉到完整的闯红灯过程，有可能被判定为闯红灯。按照《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的，一次记6分。但您描述的情况中，车辆是在绿灯时进入路口，因合理原因停在路中间，再次绿灯时通过，因此这种情况被判定为闯红灯的可能性较小。
三、建议与注意事项
遵守交通规则：
- 驾驶员在通过路口时应严格遵守交通规则，按照交通信号灯的指示行驶，并确保安全。提前减速观察路况，避免因为前方情况突变而措手不及。
及时咨询与申诉：
- 如果遇到类似情况被扣分或罚款，且认为自己的停车行为是合理的，可以保留相关证据（如行车记录仪视频、现场照片等）并向交警部门提出申诉。
了解当地交通法规：
- 不同地区的交通法规和执法情况可能有所不同，驾驶员应关注并了解所在地的具体交通法规，以便在遇到问题时能够迅速做出正确的应对。
总结：您描述的情况在一般情况下不会被扣分，但驾驶员仍需遵守交通规则，确保安全通行。如有任何疑问或遇到实际问题，欢迎直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供更详细的法律建议。