借条签写后双方互相转账是否算还款，需分情况讨论：

1. 转账与借条的关联性
   若双方转账时明确备注了“还款”或与借条金额、时间高度吻合（如转账金额等于借条本金或利息，且发生在还款期限内），则可认定为还款。此时，转账记录可作为还款的直接证据，但需结合其他证据（如聊天记录、书面协议）佐证双方意图。

2. 转账无明确用途或金额不符
   若转账未备注用途，或金额与借条无关（如转账金额远小于借条本金、无利息计算依据），则可能被认定为其他经济往来（如借款、赠与、投资等）。此时，需进一步举证证明转账与还款的关联性，否则难以直接认定为还款。

3. 双方存在多笔借贷或复杂经济关系
   若双方除借条外还有其他借贷、合作或共同投资关系，转账可能被认定为其他债务的履行或资金往来。例如，甲向乙借款10万元并出具借条，后乙向甲转账5万元，若双方存在其他未结清的债务，该5万元可能被优先抵销其他债务，而非偿还借条项下的借款。

实务建议：

• 明确转账用途：还款时应在转账备注中写明“偿还XX借条本金/利息”，并保留聊天记录、书面协议等证据。
  
• 避免现金交易：现金还款难以举证，建议通过银行转账、第三方支付平台等可追溯的方式完成。
  
• 及时更新借条：若部分还款后借条未销毁或修改，可能引发纠纷。建议还款后重新出具借条或签订还款协议，明确剩余债务金额。
  

若您有具体转账记录或借条内容需要分析，可直接向我提供细节，我会进一步为您梳理法律风险。