在处理土地侵权赔偿问题时，我们主要依据《中华人民共和国民法典》、《中华人民共和国土地管理法》以及《中华人民共和国农村土地承包法》等相关法律法规来确定赔偿的计算依据和方式。以下是对土地侵权赔偿计算依据的详细解析：

一、赔偿责任的法律依据

1. 侵权责任的一般规定：

   • 根据《民法典》的相关规定，行为人因过错侵害他人民事权益造成损害的，应当承担侵权责任。在土地侵权案件中，如未经许可在他人土地上建造建筑物、破坏土地等行为，均构成侵权，侵权人需承担相应的赔偿责任。

2. 财产损害赔偿的计算：

   • 财产损失应按照损失发生时的市场价格或其他合理方式计算。这包括土地本身价值的减少以及地上附着物（如农作物、建筑物等）的损害。在计算赔偿金额时，需充分考虑土地的实际用途、价值、面积以及地上附着物的种类和价值等因素。

3. 保护土地权利人合法权益：

   • 《土地管理法》明确规定，依法登记的土地所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。非法侵占或破坏土地将承担法律责任，包括赔偿损失。这为土地权利人提供了法律保障，确保其合法权益不受侵害。

4. 农村土地承包经营权的保护：

   • 根据《农村土地承包法》，承包方享有承包地使用、收益的权利，任何组织和个人不得侵犯。若发包方或其他组织、个人侵犯土地承包经营权，应承担赔偿责任。这进一步明确了农村土地承包经营权的保护范围和责任主体。

二、赔偿的具体内容和方式

1. 赔偿原则与协商：

   • 赔偿金额应基于侵权行为发生时土地的市场价格或采用其他合理评估方法确定。受害人和行为人可协商赔偿金额和支付方式，以达成双方都能接受的赔偿方案。

2. 赔偿支付方式的灵活性：

   • 根据《民法典》的相关规定，赔偿费用可以一次性支付或分期支付。但分期支付需被侵权人同意，并提供相应担保，以确保赔偿的顺利履行。

3. 全面赔偿原则：

   • 除了直接财产损失外，还应考虑因土地无法正常使用而产生的间接损失。例如，因土地被侵占导致无法耕种而造成的农作物损失、因土地被破坏而需要修复的费用等。确保赔偿的全面性和合理性，以充分保障土地权利人的合法权益。

4. 土地补偿费及其他费用：

   • 在土地征收或征用的情况下，根据《土地管理法》的相关规定，应依法及时足额支付土地补偿费、安置补助费及农村村民住宅、其他地上附着物和青苗等的补偿费用。这些费用的计算需综合考虑土地的原用途、价值、面积、位置以及地上附着物的价值等因素。

三、实际操作中的注意事项

• 了解当地政策：各地区会根据当地实际情况，在法律框架内制定具体的实施细则和补偿标准。因此，在处理土地侵权赔偿问题时，需充分了解当地的相关政策规定。
• 专业评估：赔偿金额通常由相关部门或专业机构进行评估确定。这些机构具备专业的评估能力和经验，能够更准确地计算赔偿金额。
• 法律途径：若双方无法就赔偿金额和支付方式达成一致，可通过法律途径解决争议。建议咨询专业律师以获取准确指导，确保自身权益得到充分保障。

综上所述，土地侵权的赔偿责任应综合考虑相关法律法规的规定以及当地政策、专业评估等因素来确定赔偿金额和支付方式。在处理这类问题时，应充分了解相关法律法规和政策规定，并结合具体情况进行综合分析以确定合理的赔偿方案。