结论：拆迁超过三年过渡费双方约定低于不约定标准的情况，是否违法需分情况讨论，具体取决于当地法规政策以及双方约定的合法性与合理性。
分析：
当地法规政策：
- 拆迁过渡费的支付标准通常由当地政府根据实际情况制定，并会包含在拆迁补偿安置方案中。这些方案会明确过渡费的支付标准、支付期限以及支付方式等。
- 如果当地法规政策明确规定了拆迁过渡费的最低支付标准，且双方约定的过渡费低于这一标准，那么这种约定很可能是违法的，因为违反了地方政府的强制性规定。
双方约定的合法性与合理性：
- 即使当地法规政策没有明确规定最低支付标准，双方约定的过渡费也需要符合法律法规的一般原则，如公平、合理、诚实信用等。
- 如果双方约定的过渡费明显低于市场水平或不合理地减轻了拆迁方的责任，这种约定可能因显失公平或违反公序良俗而被认定为无效或可撤销。
具体案例与司法实践：
- 在实际案例中，法院会综合考虑多种因素来判断双方约定的过渡费是否合法合理，包括但不限于当地的生活水平、房屋租金水平、拆迁方的经济能力等。
- 如果拆迁方能够证明双方约定的过渡费是公平合理的，且没有违反当地法规政策，那么这种约定可能是有效的。
法律建议：
- 对于拆迁方：在制定拆迁补偿安置方案时，应充分考虑当地法规政策以及市场实际情况，确保过渡费的支付标准既合法又合理。同时，在与被拆迁方协商时，应充分沟通、协商，确保双方约定的过渡费公平合理。
- 对于被拆迁方：在签订拆迁补偿安置协议前，应仔细阅读协议条款，特别是关于过渡费的支付标准、支付期限等关键内容。如果认为约定的过渡费过低或不合理，应及时与拆迁方沟通协商，或寻求法律援助以维护自身合法权益。
可能的法律后果：
- 如果双方约定的过渡费低于当地法规政策规定的最低标准或显失公平，被拆迁方有权向法院提起诉讼或申请仲裁，要求拆迁方按照法定标准或合理标准支付过渡费。
- 法院或仲裁机构在审理此类案件时，会综合考虑多种因素来判断双方约定的合法性与合理性，并据此作出裁决。
进一步思考：
- 在拆迁过程中，过渡费的支付问题往往涉及到被拆迁方的切身利益。因此，双方在协商时应充分沟通、协商，确保约定的过渡费既符合法律法规的要求，又能满足被拆迁方的实际需求。
- 如果遇到拆迁过渡费支付问题，建议及时咨询专业律师以获取更具体的法律建议和帮助。