结论：公司对公司起诉能否使用小程序，这主要取决于具体的诉讼程序和法院的要求，不能一概而论地说可以使用或不可以使用。以下从多个角度进行分析：
诉讼程序的角度：
- 在民事诉讼中，起诉是启动诉讼程序的关键步骤。通常，起诉需要提交起诉状及相关证据材料至法院。随着科技的发展，许多法院已经提供了电子诉讼服务，包括在线提交起诉状、证据材料等。然而，这并不意味着所有法院都支持通过小程序进行起诉。
- 小程序作为一种轻量级的应用程序，通常用于提供便捷的服务。如果法院开发了相应的小程序，并允许通过该小程序提交起诉材料，那么理论上公司是可以使用小程序进行起诉的。但这种情况并非普遍存在，需要具体查看相关法院的规定。
法院要求的角度：
- 不同地区的法院可能有不同的诉讼服务要求和流程。一些法院可能更倾向于传统的纸质材料提交方式，而另一些法院则可能积极推广电子诉讼服务。
- 即使法院提供了电子诉讼服务，也可能对提交的材料格式、内容等有具体要求。因此，在使用小程序进行起诉前，公司需要仔细了解并遵守相关法院的规定。
实际操作的角度：
- 即使法院允许通过小程序进行起诉，公司也需要确保提交的材料完整、准确，并符合法律要求。这可能需要公司具备一定的法律知识和操作技能。
- 此外，使用小程序进行起诉可能涉及数据安全、隐私保护等问题。公司需要确保在提交材料过程中，个人信息和商业秘密得到妥善保护。
法律建议：
- 如果公司考虑使用小程序进行起诉，建议首先咨询相关法院或法律专业人士，了解该法院是否支持通过小程序进行起诉，以及具体的操作流程和要求。
- 在准备起诉材料时，公司应确保材料的完整性、准确性和合法性，以避免因材料问题导致诉讼受阻或败诉。
- 如果公司对诉讼程序不熟悉或缺乏相关经验，建议寻求专业律师的帮助，以确保诉讼的顺利进行和合法权益的维护。
可能的法律后果：
- 如果公司未按照法院要求提交起诉材料或提交的材料不符合法律要求，可能会导致诉讼被驳回或败诉。
- 如果公司在使用小程序进行起诉过程中泄露了个人信息或商业秘密，可能会面临法律责任和声誉损失。
综上所述，公司对公司起诉能否使用小程序取决于具体的诉讼程序和法院的要求。在决定使用小程序进行起诉前，公司应充分了解相关情况并谨慎操作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。