在非法出售增值税发票罪中，违法所得一般不扣除犯罪成本。具体分析如下：

1. 违法所得的认定原则
   根据《刑法》第六十四条及司法实践，违法所得是指犯罪分子通过犯罪行为直接获得的财物，包括货币、实物等。其核心特征是“非法获利性”，即以犯罪手段获取的净收益。但司法机关在认定时，通常以犯罪行为直接产生的收入总额为准，不扣除为实施犯罪而支出的成本（如购买设备、支付人员费用等）。例如，行为人花费10万元购买假发票后出售获利50万元，违法所得仍按50万元计算，而非扣除10万元成本后的40万元。

2. 不扣除犯罪成本的法理依据

   • 防止犯罪经济激励：若允许扣除成本，可能变相鼓励犯罪分子通过扩大投入（如购买更先进的制假工具）来增加“合法化”利润，削弱刑罚的威慑力。
     
   • 简化司法认定：犯罪成本往往难以准确查证（如资金往来复杂、实物已灭失），扣除成本会大幅增加司法成本，降低办案效率。
     
   • 与国际接轨：多数国家刑法中，违法所得均以“总收入”计算，不扣除成本，例如美国《联邦量刑指南》明确规定犯罪收益不扣除支出。

3. 特殊情形下的调整
   极少数情况下，若犯罪成本与违法所得存在“直接对应关系”（如行为人用赃款购买犯罪工具，且该工具未用于其他合法用途），司法机关可能酌情调整。但此类情形需严格审查证据，实践中极为罕见。

总结：非法出售增值税发票罪的违法所得原则上以犯罪收入总额计算，不扣除犯罪成本。若您涉及具体案件，建议提供更多细节（如犯罪手段、资金流向等），我可进一步分析量刑情节及辩护策略。