结论：红灯亮起时，车辆越过了机动车停止线但没有越过摩托车停止线（假设此处指的是未继续行驶通过整个路口），通常不算闯红灯，但可能构成越线停车。具体是否算闯红灯，需根据车辆在红灯亮起后的具体行为来判断。

详细分析

1. 不算闯红灯的情况

   • 越线停车：如果车辆在红灯亮起时，由于惯性等原因刚刚越过机动车停止线，但立即停车并未继续行驶通过整个路口，这种情况一般被视为越线停车，而非闯红灯。根据《中华人民共和国道路交通安全法实施条例》第五十一条，机动车遇停止信号时，应依次停在停止线以外。此情况下，虽越线但及时停车，通常不会被认定为闯红灯，但可能会面临越线停车的处罚，如扣2分（具体记分标准依地区而异）和罚款（一般是20元以上200元以下，具体数额依地区而异）。

2. 算闯红灯的情况

   • 继续行驶通过路口：如果车辆在红灯亮起后，不仅越过了机动车停止线，还继续行驶完全通过了对面的停止线（或摩托车停止线，如果它位于路口对面），这种行为明确被认定为闯红灯。依据《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条及《道路交通安全违法行为记分管理办法》，驾驶人将面临警告、罚款（通常是20元以上200元以下，但闯红灯常处以200元罚款）以及驾驶证一次记6分的处罚。

特殊情况说明

• 为避让特种车辆而越线：如果车辆是为了避让紧急执行任务的警车、消防车、救护车、工程救险车等特种车辆而不得已越过停止线的，属于为保障公共利益和特殊任务顺利进行的正当行为，一般不会被认定为闯红灯。依据《中华人民共和国道路交通安全法》第五十三条，警车、消防车等在执行紧急任务时，不受信号灯限制，其他车辆应让行。

总结与建议

• 严格遵守交通规则：作为驾驶员，应严格遵守交通规则，确保在红灯亮起时及时停车，避免不必要的法律风险和处罚。
• 注意观察交通信号：在行驶过程中，要时刻注意观察交通信号灯的变化，确保在红灯亮起前及时减速并停车。
• 安全驾驶：无论是否遇到特殊情况，都应保持安全驾驶，避免因为疏忽或急躁而违反交通规则。

如有任何疑问或争议，建议及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。